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lundi 15 décembre 2014

#séquençage #hautedéfinition #ARN #DRiLL #tristetraproline #TTP Séquençage et modélisation en haute résolution permet l’identification de différentes stratégies dynamiques de régulation de l’ARN

DRiLL, un nouveau cadre computationnel, peut être appliqué pour la détermination du cycle de vie d’une molécule d’ARN et découvrir les événements transcriptionnels et postranscriptionnels qui contrôlent les changements dynamiques en niveaux de transcrits chez tout type de cellule utilisant des séquences de type ARN.
Source iconographique et légendaire: http://www.sciencedirect.com/science/journal/aip/00928674
Les cellules contrôlent les transitions dynamiques en termes de niveaux de transcrits par la régulation de la transcription, du traitement, et/ou de la dégradation par une stratégie de régulation intégrée. Ici, nous combinons le marquage métabolique de l’ARN, le séquençage de l’ARN ribosomial, et DRiLL, un nouveau cadre computationnel permettant de quantifier les niveaux (…) et taux de transcription, de traduction et de dégradation de chaque transcrit au niveau de la jonction et du splicing au cours de la réponse LPS des cellules dendritiques de souris. Quatre stratégies clé de régulation, dominées par les changements au niveau de la transcription, génèrent la majorité des différentes formes d’expression génique en fonction du temps. Des expressions non canoniques, employant le système de régulation posttranscriptionnelle, contrôlent seulement une minorité de gènes, mais fournissent un signal de traitement aux caractéristiques uniques. Nous validons la tristetraproline (TTP) comme régulateur majeur de la dégradation d’ARN utilisant une stratégie non-canonique. L’application de DRiLL à la régulation des ARNs non codants et à l’embryogénèse du poisson zèbre démontre sa grande utilité. Notre étude fournit une nouvelle approche quantitative d’investigation et de découverte des événements transcriptionnels et post-transcriptionnels contrôlant les changements dynamiques en niveaux de transcrits, en utilisant des données de séquençage d’ARN.  Suhas S.P. Rao et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 11 décembre 2014

Source: Science Direct / Traduction et adaptation: NZ