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| Subcellular Transcriptome = Transcriptome Subcellulaire Single Cell Transcriptome (Liver) = Transcriptome de Cellule Unique (Foie) Illumina Flow Cell = Flux Cellulaire IlluminaFrozen Tissue Section = Section de Tissu Congelé Histological Transcriptome (Colon) = Transcriptome Histologique (Colon) |
Les technologies de codes-barres spatiaux ont le potentiel de révéler les détails histologiques des profils transcriptomiques ; cependant, ils sont actuellement limités par leur faible résolution. Nous décrivons ici la méthode Seq-Scope, une technique d’attribution de code-barres de macromolécules biologiques sur le plan spatial avec une résolution comparable à un microscope optique. Seq-Scope est basé sur une amplification en phase solide d'oligonucléotides monomoléculaires codés au hasard à l'aide d'une plate-forme de séquençage Illumina. Les grappes résultantes annotées avec des coordonnées spatiales sont traitées pour exposer la fraction de capture d'ARN. Ces clusters à code-barres de capture d'ARN définissent les pixels de Seq-Scope qui sont distants de ∼0,5 à 0,8 μm les uns des autres. À partir de coupes de tissus, Seq-Scope visualise l'hétérogénéité spatiale du transcriptome à plusieurs échelles histologiques, y compris la zonation des tissus selon les axes centre organe-veine porte (foie), crypte-base (côlon) et inflammation-fibrose (foie lésé), les composants cellulaires, y compris les types cellulaires uniques et leurs sous-types, ainsi que les architectures subcellulaires du noyau et du cytoplasme. La technique Seq-Scope est rapide, simple, précis et facile à mettre en œuvre et rend l'analyse spatiale unicellulaire accessible à un large groupe de chercheurs biomédicaux. Edward M. Courchaine, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 10 juin 2021
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NZ
