#Cell #régulationgénique #cellulesimmunes #maladieimmunitaire Paysage dynamique de la régulation génique spécifique des cellules immunitaires dans les maladies à médiation immunitaire

donors = donneurs
immune-mediated diseases = maladies à médiation immunitaire
cell type = type cellulaire
RNA sequening = Séquençage de l'ARN
GWAS = étude d'association pangénomique
gene régulation = régulation génique
Disease associated Gene = Gène associé aux maladies

Des études génétiques ont révélé que beaucoup de variants génétiques sont associés à des maladies à médiation immunitaire. Afin d’élucider les éléments déclencheurs de ces maladies, il est essentiel de comprendre la fonctionnalité de ces variants, plus spécialement dans des conditions pathologiques. Dans le cas présent, nous avons réalisé une analyse à grande échelle d’expression génique des cellules avec l’analyse simultanée de la séquence de leur génome entier. Notre jeu de donnée consistant en 28 types d’échantillons de cellules immunitaires provenant de 337 patients diagnostiqués de 10 catégories différentes de maladies à médiation immunitaire et de 79 volontaires sains. Notre jeu de données a recueilli des profils d’expression génique distincts dans l’ensemble des types de cellules et de maladies étudiés. L’analyse de l’expression des caractères associés aux loci quantitatifs (eQTL) a révélé des variations dynamiques des effets de l’expression eQTL selon les contextes de conditions immunologiques, et selon les de types cellulaires. Ces eQTLs type cellulaire-dépendants et contexte-dépendants ont montré un enrichissement significatif en variants génétiques associés aux maladies à médiation immunitaire, impliquant à la fois les types cellulaires, les gènes et l’environnement associés aux maladies. Cet atlas approfondit notre compréhension des fonctions immunogénétiques des variants génétiques associés aux maladies, dans des conditions pathologiques in vivo. Mineto Ota, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 1^er mai 2021

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Traduction et adaptation : NZ

#thelancet #exclusif #COVID-19 #vaccin #AZD1222 #vaccin Efficacité du vaccin ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) contre le variant SARS-CoV-2 202012/01 (B.1.1.7) : analyse exploratoire d’un essai randomisé contrôlé

Pays présentant des cas confirmés de cas de COVID-19 dus à la souche B.1.1.7. en date du 25 mars 2021. Légende: :   >100000 cas confirmés;   4000–99999 cas confirmés;   1000–3999 cas confirmés;   500-999 cas confirmés;   100-499 cas confirmés;    2-99 cas confirmés;     1 cas confirmé   Aucun cas confirmé, ou aucune donnée disponible
Source: https://en.wikipedia.org/wiki/Lineage_B.1.1.7

Un nouveau variant du SARS-Cov-2, B.1.1.7, apparaît comme le principal contributeur de cas nouveaux de COVID-19 AU Royaume-Uni, à partir de novembre 2020. Nous rapportons une analyse post-hoc de l’efficacité du vaccin à adénovirus, le ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) contre ce variant.

Des volontaires, (d’âge ≥ 18 ans), recrutés dans des études d’efficacité vaccinale de phase 2/3 au Royaume – Uni et répartis de manière aléatoire (1:1) pour recevoir le ChAdOx1 nCoV-19 ou un vaccin conjugué contre le méningocoque (MenACWY), ont fourni des frottis de muqueuse des voies respiratoires supérieures, une fois par semaine, s’ils présentaient des symptômes de COVID-19 (toux, fièvre de 37.8°C ou plus, un souffle court, de l’anosmie ou de l’agueusie). Les échantillons ont été testés par dispositif d’amplification des acides nucléiques (NAAT) pour détection du SARS-CoV-2 ; et les échantillons positifs ont été séquencés par le consortium Genomics UK pour la COVID-19. Les réponses en termes d’anticorps neutralisants ont été mesurés à l’aide d’un test de microneutralisation (…) contre la lignée B.1.1.7 et une lignée non-B.1.1.7 canonique (Victoria). L’analyse d’efficacité comprenait les participants symptomatiques à la COVID-19 pris parmi les participants séronégatifs présentant un frottis positif au test NAAT plus de 14 jours après la seconde dose de vaccin. Les participants ont été analysés selon le vaccin qui leur avait été administré. L’efficacité vaccinale était exprimée par le résultat du calcul [1- risque relatif (ChAdOx1 nCoV-19 versus MenACWY)] dérivé du modèle robuste de la loi de Poisson. La présente étude est toujours en cours à l’heure actuelle.

Les participants inclus dans les cohortes d’efficacité ont été recrutés entre le 31 mai 2020 et le 13 novembre 2020, et ont reçu des doses de rappel entre le 1^er octobre 2020 et le 14 janvier 2021. Sur les 8 534 participants inclus dans la cohorte d’efficacité principale, 6 636 (78%) étaient âgés de 18 ans à 55 ans et 5 065 étaient des femmes. Entre le 1^er octobre 2020 et le 14 janvier 2021, 520 participants ont développé une infection au SARS-CoV-2. 1 466 frottis du nez et de la gorge positifs au test NAAT ont été collectés chez ces participants au cours de cet essai. De ceux-là, 401 frottis obtenus chez 311 participants ont été séquencés avec succès. L’activité de neutralisation virale par les anticorps induits par les vaccins était plus faible contre le variant B.1.1.7 que contre la lignée Victoria (ratio des moyennes géométriques 9.9, Intervalle de Confiance [IC] 95% 7.2-11.0). L’efficacité vaccinale contre l’infection symptomatique positive au test NAAT était de 70.4% (IC 95% 43.6-84.5) pour B.1.1.7 et de 81.5% (67.9-89.4) pour les lignées non B.1.1.7 .

ChAdOx1 nCoV-19 a montré une activité de neutralisation réduite contre le variant B.1.1.7 en comparaison du variant non-B.1.1.5 in vitro, mais le vaccin s’est montré efficace contre le variant B.1.1.7 du SARS-CoV-2. Katherine R W Emary, FRCPath, et al, dans The Lancet, publication en ligne en avant-première, 30 mars 2021

Financement : UK Research and Innovation, National Institute for Health Research (NIHR), Coalition for Epidemic Preparedness Innovations, NIHR Oxford Biomedical Research Centre, Thames Valley and South Midlands NIHR Clinical Research Network, et AstraZeneca.

Source: The Lancet Online / Traduction et adaptation : NZ