#Cell #chromatine #embryons Paysage de l’Accessibilité de la Chromatine chez des Embryons Humains à un Stade Précoce et son Association avec l’Évolution

Older genes with promoter DHSs are expressed at earlier stages = Les gènes plus anciens avec des promoteurs DHSs sont exprimés à des stades plus précoces

Younger genes with promoter DHSs are expressed at later stages = Les gènes plus récents avec des promoteurs DHSs sont exprimés à des stades plus tardifs

La dynamique du paysage de régulation de la chromatine au cours des stades précoces de l’embryogénèse humaine reste inconnue. À l’aide de la méthode de séquençage des sites hypersensibles à la DNase I (DHS), nous rendons compte du fait que le paysage de l’accessibilité à la chromatine s’établit graduellement au cours des phases précoces de l’embryogénèse chez l’homme. Curieusement, les DHSs arborant des motifs de liaison OCT4 sont enrichis au moment de l’activation du génome zygotique (ZGA) chez l’homme, mais pas chez la souris. OCT4 contribue systématiquement à la ZGA chez l’homme mais pas chez la souris. Nous montrons par ailleurs que des promoteurs minimaux établissent habituellement des DHSs à des stades plus tardifs. De la même façon, des gènes plus jeunes tendent à établir des promoteurs de DHSs et sont exprimés à des stades embryonnaires plus tardifs, alors que les gènes plus âgés présentent ces caractéristiques à des stades plus précoces. De plus, nos données montrent que les transposons actifs SVA et HERV-K arborent des DHSs et sont hautement exprimés chez les embryons à un stade précoce de développement, mais pas dans les tissus différenciés. En résumé, nos données fournissent un point de vue développemental évolutionnaire pour la compréhension de la régulation génique et de l’expression des transposons. Lei Gao, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 8 mars 2018

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Traduction et adaptation: NZ

À la recherche des déterminants de la spécificité de l’interaction promoteur-enhancer

Shéma d'un transgène, comprenant notamment deux éléments isolateurs (insulator), un enhancer distal, un enhancer proximal et un promoteur. L'expression des gènes est contrôlée par des séquences situées essentiellement en amont des gènes. Le promoteur participe directement à la formation du complexe de transcription. Les amplificateurs (enhancer) augmentent la fréquence de fonctionnement du promoteur. Les régions éloignées MAR, ouvreur de chromatine et isolateur, maintiennent la chromatine ouverte et empêchent l'extinction des gènes par la chromatine environnante. Les régions UTR (untranslated regions) se retrouvent dans l'ARNm mais ne sont pas traduites.
Source iconographique et légendaire:   http://acces.ens-lyon.fr/biotic/procreat/clonage/html/TechniquesTransgenese.htm

Bien qu’il soit généralement admis que les enhancers* activent uniquement le promoteur* le plus proche, de récentes analyses globales rendues réalisables par l’utilisation d’une technologie de transmission à haut débit, suggèrent que le réseau formé par l’ensemble des interactions enhancer-promoteur est en réalité beaucoup plus complexe. Les mécanismes qui déterminent la spécificité des interactions enhancer-promoteur restent encore mal connus, même si l’on admet qu’ils comprennent notamment une compatibilité biochimique, les contraintes imposées par l’architecture tridimensionnelle des chromosomes, des éléments isolateurs*, et probablement des effets spécifiques à la nature de la chromatine prise au niveau local dans la cellule. Dans cette revue de littérature, nous étudions les avancées actuelles réalisées dans la connaissance de ces déterminants, et soulignons les approches génomiques fonctionnelles qui mèneront à une compréhension meilleure de ces mécanismes.  Joris van Arensbergen et al, dans Trends in Cell Biology – 1072, publication en ligne en avant – première, 24 août 2014

*Pour un exemple précis du rapport d’interaction enhancer – promoteur – élément isolateur président à la régulation génique, voir médecine/sciences 2001 ; 17 : 448-57 (note du traducteur)

Source : Science Direct / Traduction et adaptation : NZ