#Cell #transcriptomiquespatiale #Seq-Scope #Illumina Examen microscopique de la transcriptomique spatiale à l'aide de Seq-Scope

Subcellular Transcriptome = Transcriptome Subcellulaire
Single Cell Transcriptome (Liver) = Transcriptome de Cellule Unique (Foie)
Illumina Flow Cell = Flux Cellulaire IlluminaFrozen Tissue Section = Section de Tissu Congelé
Histological Transcriptome (Colon) = Transcriptome Histologique (Colon)

Les technologies de codes-barres spatiaux ont le potentiel de révéler les détails histologiques des profils transcriptomiques ; cependant, ils sont actuellement limités par leur faible résolution. Nous décrivons ici la méthode Seq-Scope, une technique d’attribution de code-barres de macromolécules biologiques sur le plan spatial avec une résolution comparable à un microscope optique. Seq-Scope est basé sur une amplification en phase solide d'oligonucléotides monomoléculaires codés au hasard à l'aide d'une plate-forme de séquençage Illumina. Les grappes résultantes annotées avec des coordonnées spatiales sont traitées pour exposer la fraction de capture d'ARN. Ces clusters à code-barres de capture d'ARN définissent les pixels de Seq-Scope qui sont distants de ∼0,5 à 0,8 μm les uns des autres. À partir de coupes de tissus, Seq-Scope visualise l'hétérogénéité spatiale du transcriptome à plusieurs échelles histologiques, y compris la zonation des tissus selon les axes centre organe-veine porte (foie), crypte-base (côlon) et inflammation-fibrose (foie lésé), les composants cellulaires, y compris les types cellulaires uniques et leurs sous-types, ainsi que les architectures subcellulaires du noyau et du cytoplasme. La technique Seq-Scope est rapide, simple, précis et facile à mettre en œuvre et rend l'analyse spatiale unicellulaire accessible à un large groupe de chercheurs biomédicaux. Edward M. Courchaine, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 10 juin 2021

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Préparation post : NZ

#cell #immunothérapie #nivolumab Tumeur et Évolution du Microenvironnement au cours de l’Immunothérapie sous Nivolumab

Immune checkpoint blockade therapy = Thérapie par blocage du point de contrôle immunitaire
High tumor mutation load/burden correlates with increased neoantigens = Une charge mutationnelle tumorale élevée est en corrélation avec une augmentation des néoantigènes
Tumor cells expressing certain neoantigens are lost = Les cellules tumorales exprimant certains néoantigènes disparaissent
Clonal T-cell populations expand in proportion to the number of neoantigens lost = Les population de clones de cellules T augmentent en proportion du nombre de néoantigènes perdus
Changes occur in the microenvironment and gene expresison programs = Les changements surviennent dans le microenvironnement et les programmes d'expression des gènes
Response to therapy = Réponse au traitement
Host immunity associataed genes = Gènes associés à l'immunité de l'hôte
Stromal and tumor associated genes = gènes associés aux cellules tumorales et aux cellules stromales

Les mécanismes par lesquels le blocage du point de contrôle immunitaire modulent l’évolution de la tumeur pendant la thérapie restent incompris. Nous avons évalué les changements génomiques des tumeurs chez 68 patients atteints de mélanome avancé - dont la maladie avait progressé sous ipilimumab ou qui n’avaient pas reçu d’ipilimumab - après initiation d’un traitement nivolumab (étude CA209-038). Les tumeurs étaient analysées par séquençage de l’exome entier, du transcriptome, et/ou du récepteur aux cellules T (TCR). Chez les patients présentant une réponse, la charge mutationnelle et le niveau d’expression des néoantigènes étaient diminués par rapport à la ligne de base, et l’analyse de l’hétérogénéité intratumorale pendant la thérapie a démontré une évolution clonale différentielle au sein des tumeurs et une sélection éventuelle contre les mutations néoantigéniques au cours du traitement. Les analyses de transcriptome avant et pendant la traitement sous nivolumab ont révélé des augmentations dans des échantillons de cellules immunitaires distincts, l’activation de réseaux transcriptionnels, et une régulation positive de gènes codant pour points de contrôle immunitaire distincts se révélant plus prononcée chez les patients présentant une réponse. Les changements temporels du répertoire des TCRs intratumorales ont révélé l’expansion de clones de cellules T dans un contexte d’un affaiblissement néoantigénique. Les données complètes de profilage de cette étude fournissent un aperçu du mode d’action du nivolumab. Nadeem Riaz, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 12 octobre 2017

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Traduction et adaptation : NZ 

Prédiction des plans de division et d'orientation cellulaires

Différenciation des cellules neuronales: découverte de l'importance d'une protéine régulatrice de la division cellulaire. Sur le schéma du haut, les cellules souches normales se divisent normalement dans le plan du neuroépithélium (en gris), et les cellules filles restent au sein du neuroépithélium. Seules les cellules différenciées sont localisées dans la zone  du manteau (en blanc). Sur le schéma du bas,  en l'absence de protéine LGN (nom dû à la répétition du motif Leucine-Glycine-Asparagine), l'axe de division devient aléatoire, et l'une des deux cellules souches "filles" issues de cette division quitte le neuroépithélium. Les cellules noires illustrent, de gauche à droite, trois étapes successives de la division d'une cellule souche (avant, pendant, et après séparation des cellules filles). Source: http://www2.cnrs.fr/breves/60.htm 

La prédiction des comportements cellulaires est en enjeu majeur en biologie cellulaire et en biologie de développement. Depuis la fin du 19ème siècle, des règles empiriques permettent de prédire la position et l'orientation des plans de clivages mitotiques chez les cellules animales ou végétales. Ici, nous passons en revue l'historique des règles relatives à l'orientation des plans de division, et évoquons les études expérimentales récentes qui affinent ces règles et qui fournissent des éclairages sur les mécanismes permettant de prédire la division cellulaire. Nous discutons également pourquoi certaines règles s'appliquent préférablement à un certains types de cellules et certains contextes de développement; et des moyens de les intégrer dans la prédiction du positionnement de la division cellulaire dans les tissus. Nicolas Minc et Matthieu Piel, in Trends in Cellular Biology - 855, online 7 February 2012, in press

Source: http://www.sciencedirect.com/ / Traduction et adaptation: NZ

Une technique pourrait servir de guide dans le traitement du cancer du poumon

Cancer bronchique non à petites cellules, vu par scanner - TEP. Copyright: Elsevier

Alors que la résection chirurgicale est une procédure importante dans le traitement du cancer bronchique non à petites cellules (CBNPC), il n'est actuellement pas possible de se prononcer sur sa récidive. Dans un article du Lancet (Early Online Publication, 27 January 2012 - http://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(11)61941-7/fulltext), Jablons et al décrivent l'utilisation d'une technique de biologie moléculaire permettant de mieux identifier les patients à risque élevé de récidive du CBNPC que l'évalutation de conventionnelle basée sur le stade d'évolution observé chez le patient. Ladite technique - qui fait l'analyse de 14 gènes de tissu tumoral - a été validée dans des essais cliniques chez des patients atteints de CBNPC aux Etats Unis et en Chine. Cette étude fait aussi l'objet d'une discussion sur un Podcast. The Lancet Online, en Une de page d'accueil, 27 janvier 2012

Source: www.thelancet.com / Traduction et adaptation: NZ

Molécules - Médicament: plusieurs indications?

A l'instar du Dogme de la Biologie Moléculaire, dictant le principe suivant: "one gene - one enzyme", on a longtemps pensé qu'à principe actif correspondait une indication donnée, en pharmacopée. Eh bien l'actualité récente nous indique que ce principe est caduc: maintenant, à un principe actif correspond souvent plusieurs indications, dans des domaines thérapeutiques pas toujours voisins.

Nicolas Zarjevski