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mercredi 29 juin 2022

#éditorial COVID-19: les chercheurs et le virus font la course

Virus SARS-CoV-2 (Image CDC) (cf. Wikipedia)

Le premier cas de Maladie à Coronavirus 2019 (COVID-19), dont l'agent infectieux associé est le SARS-CoV-2, a été identifié à Wuhan (Chine) le 16 novembre 2019. 

Selon la base de données en accès libre Scopus, la COVID-19 représente la thématique centrale de:

62 articles scientifiques publiés en 2019

86 007 articles scientifiques publiés en 2020

164 881 articles scientifiques publiés en 2021

72 219 articles scientifiques publiés en 2022 - au 29 juin 2022

Il est intéressant de constater que le volume de publication avec pour thématique COVID-19 double entre 2020 et 2021; en revanche, selon l'évaluation ci-dessus, il ne devrait pas y avoir plus d'articles publiés portant sur le COVID-19 en 2022 qu'il n'y en a eu en 2021. Pourtant, on observe un renouvellement continu des variants - actuellement BA.4 et BA.5 s'accompagnant de formes toujours renouvelées de la maladie. Doit-on comprendre par là que les découvertes scientifiques nouvelles marquent le pas en comparaison de la vigueur de l'évolution génétique du SARS-CoV-2?

De la rapidité d'acquisition des connaissances nouvelles dans le domaine dépendra la mise sur le marché de nouveaux vaccins et médicaments efficaces contre les nouveaux variants du SARS-CoV-2. A suivre.

Nicolas Zarjevski / 29 juin 2022

 

vendredi 18 février 2022

#Cell #exclusif #gibier #agentpathogèneémergent La caractérisation des viromes du gibier en Chine révèle un éventail d'agents pathogènes émergents

Cette illustration montre les multiples voies de transmission des virus pathogènes de la faune sauvage à l'homme et aux animaux domestiques; en passant par les animaux sauvages que l'on chasse pour en consommer la viande. 

 

Le gibier est une espèce sauvage commercialisée et consommée comme nourriture ; il représente en outre de potentiels réservoirs de SARS-CoV et le SARS-CoV-2. Nous avons effectué une analyse méta-transcriptomique de 1941 gibiers, représentant 18 espèces et cinq ordres de mammifères, échantillonnés à travers la Chine. À partir de là, nous avons identifié 102 virus infectant les mammifères, dont 65 ont été décrits pour la première fois. Vingt et un virus ont été considérés comme présentant un risque potentiellement élevé pour l'homme et les animaux domestiques. Les civettes (Paguma larvata) étaient porteuses du plus grand nombre de virus potentiellement à haut risque. Nous avons déduit la transmission du coronavirus de chauve-souris HKU8 des chauves-souris aux civettes, ainsi que des sauts inter-espèces de coronavirus des chauves-souris aux hérissons, des oiseaux aux porcs-épics et des chiens aux chiens viverrins. Il convient de noter que nous avons identifié le virus de la grippe aviaire A H9N2 chez les civettes et les blaireaux asiatiques, ces derniers présentant des symptômes respiratoires, ainsi que des cas de transmission probable du virus de l'homme à la faune. Ces données soulignent l'importance du gibier en tant que moteur potentiel de l'émergence de maladies. Wan-Ting He, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 16 février 2022

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Préparation post : NZ

jeudi 24 juin 2021

#thelancetinfectiousdiseases #COVID-19 #vaccination Efficacité de la vaccination BNT162b2 et ChAdOx1 nCoV-19 COVID-19 pour prévenir les hospitalisations chez les personnes âgées d'au moins 80 ans : une étude cas-témoins à test négatif

Nombre de cas déclarés (bleu) et nombre de morts (rouge), et en moyenne mobile sur 7 jours : nombre de cas quotidiens (pointillés bleu) et nombre de morts quotidiens (pointillés rouge). Attention, toutes ces courbes sont en échelle logarithmique. 
Source iconographique et légendaire: 
https://fr.wikipedia.org/wiki/Pand%C3%A9mie_de_Covid-19_en_France

 

Le 8 décembre 2020, le déploiement du premier vaccin contre le SRAS-CoV-2 autorisé au Royaume-Uni (vaccin à ARNm BNT162b2) a commencé, suivi d'un vaccin à vecteur adénoviral ChAdOx1 nCoV-19 le 4 janvier 2021. Résidents et personnel des maisons de soins, agents de santé (…), et adultes âgés de 80 ans et plus ont été vaccinés en premier. Cependant, peu de données existent concernant l'efficacité de ces vaccins chez les personnes âgées présentant de nombreuses comorbidités. Dans cette évaluation post-mise en œuvre de deux vaccins COVID-19, nous avons cherché à déterminer l'efficacité d'une dose pour réduire les admissions à l'hôpital liées au COVID-19 chez les personnes d'un âge avancé. (…).

Cette étude cas-témoins prospective à test négatif a inclus des adultes âgés d'au moins 80 ans qui ont été admis dans deux unités hospitalières dépendant du NHS à Bristol, au Royaume-Uni, avec des signes et symptômes de maladie respiratoire. Les patients qui ont développé des symptômes avant de recevoir leur vaccin ou ceux qui ont reçu leur vaccin après leur admission à l'hôpital ont été exclus, de même que ceux dont les symptômes ont commencé plus de 10 jours avant l'admission à l'hôpital. Nous avons effectué une analyse de régression logistique, contrôlant le temps (semaine), le sexe, l'indice de privations multiples et le statut de placement en résidence en soins, et des analyses de sensibilité appariées pour le temps et le sexe à l'aide d'un modèle logistique conditionnel ajustant l'indice de privations multiples et le statut de placement en résidence en soins.

Entre le 18 décembre 2020 et le 26 février 2021, 466 adultes étaient éligibles (144 tests positifs et 322 tests négatifs). 18 (13 %) des 135 personnes infectées par le SRAS-CoV-2 et 90 (34 %) des 269 témoins ont reçu une dose de BNT162b2. L'efficacité vaccinale ajustée était de 71,4 % (Intervalle de Confiance [IC] 95 % 46,5–90,6). Neuf (25 %) des 36 personnes infectées par le COVID-19 et 53 (59 %) des 90 témoins ont reçu une dose de ChAdOx1 nCoV-19. L'efficacité vaccinale ajustée était de 80,4 % (IC 95%  36,4-94,5). Lorsque l'analyse de l'efficacité du BNT162b2 a été limitée à la période couverte par ChAdOx1 nCoV-19, l'estimation était de 79,3 % (IC 95 % 47,0–92,5).

Une dose de BNT162b2 ou de ChAdOx1 nCoV-19 a entraîné des réductions substantielles du risque d'hospitalisation liée au COVID-19 chez les personnes âgées d'au moins 80 ans. Catherine Hyams, PhD, et al, dans The Lancet Infectious Diseases, publication en ligne en avant-première, 23 juin 2021

Financement : Pfizer

Source : The Lancet Online / Préparation post : NZ

mercredi 26 mai 2021

#EClinialMedicine #SARS-CoV-2 #anticorps Analyse basée sur la population de la longévité de la séropositivité des anticorps anti-SRAS-CoV-2 aux États-Unis


Pneumonie aigue bilatérale, les flèches indiquent un infiltrat en verre dépoli dans les deux poumons.
Source iconographique et légendaire:https://fr.wikipedia.org/wiki/Maladie_%C3%A0_coronavirus_2019 

Cette étude transversale visait à suivre la durée de séropositivité des anticorps anti-SRAS-CoV-2 basée sur la population à travers les États-Unis, à l'aide de données d'observation provenant d'un registre de laboratoire clinique national rassemblant des données de patients dépistés par amplification d'acide nucléique (TAAN) et par tests sérologiques. La connaissance de la séropositivité des anticorps et de sa durée peut aider à dicter la planification post-pandémique.

En utilisant des tests pour détecter des anticorps dirigés contre les protéines de nucléocapside (N) ou de pointe (S) effectuées sur des échantillons de 39086 personnes avec COVID-19 positif confirmé par réaction en chaîne par transcription inverse-polymérase (RT-PCR) de mars 2020 à janvier 2021, nous avons analysé taux de séropositivité des IgG à l'échelle nationale jusqu'à 300 jours après le test NAAT initial positif des patients. La régression linéaire a identifié des tendances dans les taux de séropositivité et la régression logistique a testé la prévisibilité positive selon l'âge, le sexe, le type de test et les jours après l'infection.

La séropositivité des anticorps IgG aux protéines SRAS-CoV-2 S et N a suivi une tendance linéaire atteignant environ 90% de positivité 21 jours après l'index. Le taux de séropositivité aux protéines N a diminué à un rythme plus prononcé, passant à 68.2% [Intervalle de Confiance -IC- à 95%: 63.1–70.8%] après 293 jours, tandis que la séropositivité aux anticorps S a maintenu un taux de 87.8% [IC à 95%: 86.3–89.1 %] à 300 jours. En plus du type d'antigène et du nombre de jours après la PCR positive, l'âge et le sexe étaient également des facteurs importants dans la prédiction de la séropositivité, les moins de 65 ans présentant un taux de séropositivité plus soutenu.

Les données d'observation d'un laboratoire clinique national, bien que limitées par une vision épidémiologique de la population américaine, offrent un calendrier encourageant pour le développement et la durabilité des anticorps jusqu'à dix mois après l'infection naturelle et pourraient éclairer la planification post-pandémique. David Algego, et al, dans EClinicalMedicine – The Lancet, publication en ligne en avant-première, 24 mai 2021

Source : The Lancet Online / Préparation post : NZ


mardi 2 février 2021

#thelancet #exclusif #COVID-19 #vaccin Innocuité et efficacité d’un vaccin hétérologue à amorce – rappel à vecteurs rAd26 et rAd5 contre la COVID-19 : analyse intermédiaire d’un essai de phase 3 en Russie

Le SARS-CoV-2 en microscopie électronique
Source: https://fr.wikipedia.org/wiki/Pand%C3%A9mie_de_Covid-19

 

Un vaccin hétérologue a vecteur adénovirus recombinant (rAd), le Gam-COVID-Vac (Sputnik V), a montré un bon profil d’innocuité et a induit de fortes réponses immunitaires humorales et cellulaires chez des participants à des essai cliniques de phase 1/2. Ici, nous rapportons les résultats préliminaires d’efficacité et d’innocuité de Gam-COVID-Vac, à partir de l’analyse intermédiaire de cet essai de phase 3.

Nous avons réalisé un essai de phase 3 randomisé, en double aveugle, contrôlé par placebo dans 25 hôpitaux et polycliniques situés à Moscou, Russie. Nous avons inclus des participants âgés d’au moins 18 ans, présentant des tests PCR négatifs quant aux IgG et IgM anti-SARS-CoV-2, ne présentant pas de pathologies infectieuses dans les 14 jours précédant le recrutement, et n'ayant reçu aucune vaccination dans les 30 jours précédant le recrutement. Les participants ont été répartis au hasard dans deux groupes (3 :1) stratifiés par groupe d’âge, pour recevoir soit le vaccin, soit le placebo. Ni les investigateurs, ni les participants, ni le personnel de l’étude n’avait accès au tableau de randomisation. Les vaccin était administré (0.5 mL/dose) par voie intramusculaire selon la stratégie de vaccination dite amorce–rappel : un intervalle de 21 jours entre la première dose administrée (rAd26) et la deuxième dose administrée (rAd5) était appliqué, les deux vecteurs portant le gène codant pour la glycoprotéine S du SARS-CoV-2 sur toute sa longueur. Le critère principal d’évaluation de l’essai était la proportion de patients présentant une COVID-19 confirmée par PCR à partir du 21ème jour suivant l’injection de la première dose. Etaient exclus des analyses tout patient présentant des violations au protocole : le critère principal était évalué chez les participants qui avaient reçu les deux doses de vaccin ou du placebo; les évènements indésirables étaient relevés chez tous les participants qui avaient reçu au moins une dose de vaccin au moment du verrouillage de la base de données, et les rares évènements indésirables observés étaient pris en compte chez tous les participants qui avaient reçu au moins deux doses et chez qui toutes les données disponibles étaient vérifiées dans le cahier d’observation (CRF) au moment du verrouillage de la base. (…).

Entre le 7 septembre et le 24 novembre 2020, 21 977 adultes ont été répartis de manière aléatoire dans les groupes ; ainsi, 16 501 patients ont rejoint le groupe vaccin et 5 476 patients ont rejoint le groupe placebo. 19 866 ont reçu les deux doses de vaccin ou de placebo et ont été inclus dans la population analysée quant au critère principal de l’étude. A partir de 21 jours suivant la première dose de vaccin (le jour même de l’injection de la dose 2), 16 (0.1%) des 14 964 participants du groupe vaccin et 62 (1.3%) des 4 902 participants du groupe placebo ont confirmé être atteints de COVID-19 ; l’efficacité du vaccin étant de 91.6% (Intervalle de Confiance [IC] 85.6-95.2). La plupart des évènements indésirables rapportés étaient des évènements indésirables de grade 1 (7 485 [94%] sur un total de 7 966 évènements relevés). 45 (0.3%) des 16 427 participants du groupe vaccin et 23 (0.4%) des 5 435 participants du groupe placebo ont présenté des évènements indésirables graves ; aucun n’a été imputé à la vaccination, selon le comité indépendant de contrôle des données. Quatre décès ont été rapportés au cours de l’étude (trois [<0.1%] participants sur les 16 427 du groupe vaccin et un [<0.1%] participant sur les 5 435 du groupe placebo) ; aucun de ces décès n’a été imputé au vaccin.

Cette analyse intermédiaire de l’essai de phase 3 du Gam-COVID-Vac a montré 91.6% d’efficacité contre la COVID-19 été bien toléré dans une vaste cohorte. Denis Y Logunov, DSc, et al, dans The Lancet, publication en ligne en avant-première, 2 février 2021

Financement : Département de la Santé de la Ville de Moscou, Fonds Russe d’Investissements Directs, Sberbank, et RUSAL

Source : The Lancet Online / Traduction et adaptation : NZ

mercredi 13 janvier 2021

#Cell #exclusif #SARS-CoV-2 #vaccin Vaccins ARN messager contre le SARS-CoV-2



 

Vaccine efficacy = Efficacité du vaccin
100 jours
après l'injection des premières doses de vaccin Moderna ( en bleu ) et Pfizer - BioNTech versus placebo, respectivement, on observe à 100 jours post injection qu'aucun des sujets injectés avec le vaccin actif placebo ne sont atteints par le SARS-CoV-2 versus 2.0% de sujets injectés avec les placebo respectifs atteints par l'infection au SARS-CoV-2.

Les deux premiers vaccins ayant prouvé leur efficacité dans l’inhibition de la pathologie COVID-19 sont tous deux des vaccin à ARNm, atteignant une efficacité (et une innocuité) chez 95% des 74 000 participants (la moitié d’entre eux recevant le placebo) après administration intramusculaire en deux injections : la première à T=0, la deuxième à T= 3-4 semaines. Eric J. Topol, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 13 janvier 2021

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Traduction et adaptation : NZ


vendredi 25 septembre 2020

#thelancetinfectiousdiseases #SARSCoV2 #testdedétection Mesures comparatives de l’efficacité de cinq tests de détection immunologique des infections par le SARS-CoV-2 : comparaison au coude-à-coude avec la référence


Nombre de cas de COVID-19 détectés en date du 23 septembre 2020, au Royaume - Uni et en France, respectivement.
Source: Wikipedia
 


Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) a causé une pandémie globale en 2020. Le dépistage est crucial pour atténuer ses effets sur la santé publique et l’économie. Les tests sérologiques est considérée comme une action clé dans la surveillance au niveau de la population ainsi que pour l’évaluation du risque au niveau individuel. Cependant, la fiabilité des essais immunologiques n’ont pas été comparés sur des échantillons de grande taille et similaires dans leur constitution. Notre but était de poursuivre des investigations s’agissant de la performance de nos essais immunologiques commerciaux sur automate à grande capacité réalisé avec anticorps SARS-CoV-2 et le nouveau test microplaques ELISA 384 puits.

Nous avons réalisé une évaluation au coude  - à - coude de l’essai SARS-Cov-2 Ig (Abbott, Chicago, IL, USA), de l’essai LIAISON SARS-CoV-2 S1/S2 IgG (DiaSorin, Saluggia, Italie), de l’essai Elecsys Anti-SARS-CoV-2 (Roche, Bâle, Suisse), l’essai SARS-CoV-2 Total (Siemens, Münich, Allemagne), et un nouveau test ELISA 384 puits (essai immunologique OXFORD). Nous avons dérivé sensibilité et spécificité à partir de 976 échantillons pré-pandémiques de sang (collectés entre le 4 septembre 2014, et le 4 octobre 2016) et 536 échantillons de sang de patients avec confirmation d’une infection au SARS-CoV-2, collectés au moins 20 jours après apparition des symptômes (collectés entre le 1er février 2020 et le 31 mai 2020). Les courbes de sensibilité/spécificité (courbes ROC) ont été utilisées pour l’évaluation des seuils de détection.

Au niveau des seuils assurés par les fabricants, la sensibilité de l’essai Abbott était de 92.7% (Intervalle de Confiance [IC] 90.2-94.8) et sa spécificité de 99.9% (99.4-100%) ; la sensibilité de l’essai DiaSorin était de 95.0% (92.8-96.7) et sa spécificité de 98.7% (98.4-98.4) ; la sensibilité de l’immunoessai Oxford était de 99.1% (97.8-99.7) et sa spécificité de 99.0% (98.1-99.5) ; la sensibilité de l’essai Roche était de 93.2% (95.4-98.4) et sa spécificité de 99.8% (99.3-100) ; la sensibilité de l’essai Siemens était de 98.1% (96.6-99.1) et sa spécificité de 99.9% (99.4-100%). Tous les essais ont présenté une sensibilité atteignant au moins 98% avec des seuls optimisés afin d’atteindre une spécificité d’au moins 98% sur les échantillons prélevés au moins 30 jours après apparition des symptômes. 

Quatre tests commerciaux largement disponibles et un test (…) ELISA 384 puits peuvent être utilisés pour la réalisation de tests sérologiques permettant d’atteindre une sensibilité et une spécificité d’au moins 98%. Le données d’indicateurs obtenues sur les essais Siemens et Oxford Immunoassay ont atteint ce pourcentage sans autre manœuvre d’optimisation. Cette étude comparative d’évaluation d’essais radioimmunologiques devrait permettre d’affiner les stratégies, pour une utilisation optimale des ressources en la matière de dépistage, pour une meilleure protection individuelle et collective. Groupe National d’Évaluation des Essais Sérologiques du SARS-CoV-2, dans The Lancet Infectious Diseases, publication en ligne en avant-première, 23 septembre 2020

Financement : Santé Publique Angleterre, et Institut National de la Santé du Royaume Uni

Source : The Lancet Online / Traduction et adaptation : NZ


mercredi 9 septembre 2020

#thelancetrespiratorymedicine #exclusif #COVID-19 #vaccin Le Vaccin Russe contre la COVID-19

COVID-19 - Copyright: Ramon Andrade 3Dciencia/Science Photo Library
 

En date du 11 août 2020, la Russie est devenue le premier pays au monde à approuver un vaccin contre le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-Cov-2). Ce vaccin, fabriqué à partir de deux vecteurs adénovirus, a été développé par le Centre National d’Epidémiologie et de Microbiologie Gamaleya (Moscou, Russie). Son approbation a été annoncée par le Président Vladimir Poutine. « Je sait qu’il [le vaccin] est efficace, aide à développer une immunité solide, et qu’il a subi tous les tests nécessaires », à déclaré Poutine lors d’un conseil des ministres. Quoi qu’il en soit, cette approbation est prématurée, selon une opinion très répandue. Au moment de son approbation, non seulement ce vaccin n’était même pas entré en phase 3 d’essais cliniques, il n’avait, de plus, été l’objet d’aucune publication s’agissant des résultats obtenus lors d’essais cliniques de phases plus précoces.

Depuis lors, les résultats de phase 1/2 ont été publiés dans The Lancet. Ce vaccin a induit une forte réponse immunitaire chez les 76 participants à cet essai. De fait, le Ministre Russe de la Santé doit avoir eu accès à ces résultats. Du point de vue des autorités régulatrices comme la Food and Drug Administration (FDA) des USA et l’Agence Européenne du Médicament, les seules données de réponse immunitaire ne doivent pas, en général, représenter une base suffisante pour l’approbation d’un vaccin. « La réponse immunitaire peut ne pas être directement proportionnelle au degré de protection – il n'est permis de statuer [sur l’effet protecteur d’un vaccin]* qu'à la suite d’essais réalisés à grande échelle seulement », explique Peter Openshaw, professeur de médecine expérimentale à l’Imperial College de Londres (Londres, Royaume Uni).

Le vaccin Russe est nommé Spoutnik V, en mémoire au programme spatial de l’ère Soviétique. La fille du président a été vaccinée. « Elle se sent bien, et la concentration des anticorps est élevée » déclare Poutine. « La chose la plus importante est d’assurer que ce vaccin est d’une sûreté et d’une efficacité en toute situation ». Sa production massive devrait commencer en septembre 2020. La Russie, qui comptabilise presque 1 million de cas de COVID-19, annonce qu’elle sera capable de fournir 500 millions de doses de Spoutnik V par an.

« Nous ne savons absolument pas si ce vaccin est sûr, et s’il fonctionne » dit Ashish Jha, Doyen de l’Université de Santé Publique Brown (Providence, RI, USA). « Il est préoccupant de voir que l’on court-circuite les processus standard en vigueur de développement d’un vaccin ». Les personnes développant le vaccin Russe ont eu une réponse combative à ces critiques. Un site internet officiel a été construit avec pour but affiché de « produire une information précise et mise à jour en permanence sur le Spoutnik V et combattre la campagne de désinformation lancée par les médias internationaux contre lui ».

Le vaccin est financé par le Fonds Russe d’Investissements Directs (RDIF), il s’agit là d’un fonds sanitaire souverain dans ce pays. Kirill Dmitriev, Directeur Général du RDIF, s’est plaint : « au lieu de se pencher sur la science sur laquelle repose la pertinence de ce vaccin à vecteur adénoviral que la Russie a développé, quelques politiques et médias internationaux ont choisi prioritairement de saper la crédibilité du vaccin Russe ». Des essais cliniques de grande ampleur, impliquant plus de 40 000 sujets, vont être entrepris et commenceront au cours de la dernière semaine d’août. » Un bon nombre de pays comme les Emirats Arabes Unis, l’Arabie Saoudite, les Philippines, l’Inde ou le Brésil, se joindront localement aux essais cliniques Spoutnik V », a déclaré le site internet officiel.

Dimitriev a confirmé que la Russie avait reçu des demandes s’élevant à un milliard de doses de  vaccin, au niveau international. Le 26 août 2020, l’agence de presse TASS a déclaré que le pays fournirait plus de 2 millions de doses de Spoutnik V au Kazakhstan. Openshaw souligne que ceux qui ont exprimé un intérêt pour ce vaccin ne commenceront à l’administrer à grande échelle que lorsqu’ils seront assurés de son innocuité et de son efficacité. « Il y a une différence énorme entre le fait que la Russie diffuse le vaccin à l’intérieur de ses frontières, ce qu’elle est en droit de faire, et son approbation au niveau international ou une préqualification par l’  « OMS », a-t-il dit. (…). Talha Khan Burki, et al, dans The Lancet Respiratory Medicine, publication en ligne en avant-première, 4 septembre 2020

*ajout de l'éditeur du présent post de blog

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : The Lancet Online / Traduction et adaptation : NZ

lundi 13 juillet 2020

#Cell #SARS-CoV-2 #anticorpsneutralisants Isolation Longitudinale d’Anticorps SARS-CoV-2-Neutralisants Puissants chez des Patients COVID-19



Analyse longitudinale de sujets infectés par le SARS-CoV-2  /  Temps après infection
Isolation d'anticorps neutralisants puissants (nAbs)  /   Fréquence - Identité de la lignée germinale
Identification d'un précurseur potentiel  /  Répertoire de lymphocytes B Pré-pandémiques naïfs

 

La pandémie SARS-CoV-2 a des implications inédites dans le domaine de la santé publique, la vie sociale, et l’économie mondiale. Du fait d’une actuelle indisponibilité en médicaments et vaccins approuvés par les autorités de santé, de nouvelles options pour la prévention et le traitement du COVID-19 sont très recherchés. Afin d’identifier des anticorps SARS-CoV-2 neutralisants, nous avons analysé la réponse des anticorps  chez 12 patients COVID-19 de 8 à 69 jours après leur diagnostic. En effectuant le criblage de 4 313 lymphocytes B CoV-2 réactifs, nous avons isolé 255 anticorps à diverses périodes ; dès le 8ème jour après le diagnostic. De ceux-là, 28 anticorps SARS-CoV-2 puissamment neutralisants (IC100 atteignant le seuil de 0.04 μg/mL), présentant un large spectre de gènes variables (V) et un faible niveau de mutations somatiques. Il est intéressant de noter que de potentiels précurseurs ont été identifiés dans des répertoires de lymphocytes B naïfs de 48 sujets sains chez qui des échantillons avaient été prélevés avant la pandémie COVID-19. Nos résultats démontrent que des anticorps SARS-CoV-2-neutralisants sont facilement générés à partir de divers bassins de précurseurs, porteurs d’espoir de l’induction rapide d’une réponse immunitaire protectrice après vaccination. Christoph Kreer, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 13 juillet 2020

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Traduction et adaptation : NZ


vendredi 12 juin 2020

#thelancet #SARS-CoV-2 #IgG #séroprévalence Séroprévalence des anticorps IgG anti-SARS-CoV-2 à Genève, Suisse (SEROCoV-POP) : étude basée sur la population


Les taux d'IgG sont au plus haut deux semaines après contamination par le SARS-CoV-2
Source:  https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Covid-19-Time-Course-05.gif


L’évaluation du fardeau de la COVID-19 sur la base du nombre de patients bénéficiant de soins n’est pas optimale du fait qu’elle repose à la fois sur la stratégie de dépistage, sur la variation du profil définissant un cas comme pathologique, et sur le stade de la maladie au moment du dépistage. Les enquêtes de profil sérologique basées sur la population, mesurant les anticorps anti-Coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (anti-SARS-CoV-2) fournissent une méthode d’estimation des taux d’infection et du monitorage de la progression de l’épidémie. Ici, nous estimons la séroprévalence à intervalles hebdomadaires des anticorps anti-SARS-CoV-2 dans la population de Genève, Suisse, au cours de l’épidémie.

L’étude SEROCoV-POP est une étude basée sur la population menée chez des sujets ayant précédemment participé à l’étude Bus Santé et membres de la famille vivant sous le même toit, âgés d’au moins 5 ans. Nous avons réalisé des tests visant à détecter les anticorps IgG anti-SARS-CoV-2 sur chaque participant avec un test ELISA commercialisé. Nous avons estimé la séroprévalence  à l’aide d’un modèle Bayésien de régression logistique prenant en compte la performance des tests, après redressement pour l’âge et le sexe de la population genevoise. Les résultats présentés ici sont ceux obtenus au cours des 5 premières semaines de l’étude.

Entre le 6 avril et le 9 mai 2020, nous avons recruté 2 766 participants issus de 1339 foyers, formant un groupe représentatif de la distribution démographique de la population genevoise. Au cours de la première semaine, nous avons estimé la séroprévalence à 4.8% (Intervalle de Confiance [IC] 95% 2.4-8.0, n=341). Le taux de séroprévalence ont évolué ; atteignant 8.5% (5.9-11.4, n=469) au cours de la deuxième semaine, 10.9% (7.9-14.4, n=577) au cours de la troisième semaine, 6.6% (4.3-9.4, n=604) au cours de la quatrième semaine et 10.8% (8.2-13.9, n=775) au cours de la cinquième semaine. Les sujets âgés de 5-9 ans (Risque Relatif [RR] 0.32 [IC 95% 0.11-0.63]) et ceux âgés de plus de 65 ans (RR 0.50 [0.28-0.78]) présentaient un risque significativement plus bas de séropositivité que ceux âgés de 20-49 ans. Après prise en compte du délai de séroconversion, nous avons estimé que pour chaque cas rapporté confirmé, il y avait 11.6 infections déclarées dans la communauté.

Ces résultats suggèrent que la majorité de la population de Genève est demeurée non infectée au cours de vague de la pandémie, malgré la prévalence élevée de la COVID-19 dans la région (5 000 cas cliniques rapportés en moins de 2.5 mois au sein d’une population d’un demi - million d’âmes). Partant du principe la présence d’anticorps IgG est associée à l’immunité, ces résultats indiquent que l’épidémie est loin d’être terminée du fait de la survenue d’un nombre moins élevé de contaminations nouvelles. De plus, une séroprévalence significativement plus basse a été observée chez les enfants âgés de 5-9 ans et les adultes âgés de plus de 65 ans, en comparaison de celle observée chez les sujets âgés de 10-64 ans. Ces résultats représentent une source d’informations intéressant les pays prévoyant l’allègement des contraintes visant à réduire la transmission du virus. Silvia Stringhini, PhD, et al, dans The Lancet, publication en ligne en avant-première, 11 juin 2020 

Financement : Office Fédéral de la Santé Publique (OFSP, Suisse), Swiss School of Public Health (programme pour la détermination de l’Immunité Corona), Fondation de Bienfaisance du Groupe Pictet, Fondation Ancrage, Fondation Privée des Hôpitaux Universitaires de Genève, et Center for Emerging Viral Diseases

Source : The Lancet Online / Traduction et adaptation : NZ  


mardi 2 juin 2020

#thelancet #exclusif #COVID19 #épidémiologie Distanciation physique, masques faciaux, et systèmes de protection des yeux pour prévenir la transmission d’une personne à l’autre du SARS-CoV-2 et COVID-19 : revue systématique et méta-analyse

Alternatives à la poignée de main au temps du COVID-19
Source iconographique: https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Covid-19-Handshake-Alternatives-v3.gif

Le syndrome respiratoire aigu sévère lié au coronavirus 2 (SARS-CoV-2) est la cause du COVID-19 et se transmet d’une personne à l’autre par contact étroit. Notre but était de poursuivre des investigations sur les effets de la distanciation physique, du port de masques faciaux, et de protection des yeux dans différents contextes ; en établissement de soins ou autre contexte, communautaire notamment.

Nous avons réalisé une revue systématique et méta-analyse afin de poursuivre des investigations sur la distanciation optimale inter-individu permettant d’éviter la transmission du virus d’une personne à l’autre, et  d’évaluer l’effet de l’utilisation de masques faciaux et de systèmes de protection des yeux pour prévenir la transmission du virus. Nous avons obtenu des données pour le SARS-CoV-2 et le betacoronavirus responsables du syndrome respiratoire aigu sévère, et du syndrome respiratoire du Moyen Orient (MERS) à partir de données spécifiques de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) et à partir de sources de données COVID-19 - spécifiques. Nous avons recherché ces sources de données à partir de la constitution d’une base de données au 3 mai 2020, sans restriction de langue de rédaction de publication (…). Nous avons examiné la base ainsi constituée, en avons extrait les données, et en avons évalué le risque de partialité (…). Nous avons réalisé des méta-analyse dans des cadres fréquentiste et bayésien à la fois, ainsi que des méta-analyses à effets aléatoires. Nous avons évalué la certitude des preuves à l’aide des méthodes de Cochrane et l’approche GRADE.

Nous avons identifié 172 études observationnelles dans 16 pays situés dans les six continents, comprenant des études contrôlées non randomisées et 44 études comparatives pertinentes réalisées dans des contextes de soins de santé et d’autres contextes (n= 25 697 patients). La transmission du virus était plus faible, dès lors qu’une distanciation physique de 1 mètre ou plus était appliquée, en comparaison d’une distanciation physique inférieure à 1 mètre (n=10 736, rapport de cotes ajusté -pooled adjusted odds ratio [aOR] dans le texte- 0.18, Intervalle de Confiance [IC] 95% de 0.09 à 0.38 ; différence de risque [DR] -10.2%, IC 95% de -11.5 à -7.5 ; avec preuve de certitude modérée) ; la protection était augmentée au fur et à mesure que la distance était allongée (changement en risque relatif [RR] 2.02 par mètre ; Pinteraction = 0.041 ; avec preuve de certitude modérée). Le port du masque facial pourrait avoir pour résultat une plus grande diminution du risque d’infection (n=2647 ; aOR 0.15, IC 95% de 0.07 à 0.34, DR -14.3%, de -15.9 à -10.7 ; avec preuve de certitude faible), avec de plus fortes associations avec N95 ou des respirateurs similaires en comparaison avec les masques chirurgicaux à usage unique ou autre masque de gamme similaire (c'est-à-dire masque en coton à couche 12-16 réutilisable ; Pinteraction=0.090 ; probabilité à postériori > 95%, avec preuve de certitude faible). La protection des yeux était également associée à un degré moindre d’infections (n=3713 ; aOR 0.22, IC 95% de 0.12 à 0.39, DR -10.6%, IC 95% de -12.5 à -7.7 ; avec preuve de certitude faible). Les études non-ajustées, ainsi que les analystes de sous-groupe et de sensibilité ont montré des résultats similaires.

Les résultats de cette revue systématique et la méta-analyse soutiennent une distanciation physique de 1 mètre ou plus et fournissent des estimations quantitatives pour le suivi de contacts et prise de décisions stratégiques. L’utilisation optimale de masques de protection, de respirateurs, et de protection oculaire en public et dans des contextes de soins de santé devraient être guidés par ces résultats et facteurs contextuels. Des essais randomisés rigoureux seront nécessaires pour mieux mettre en évidence l’utilité de ces interventions, mais cette évaluation systématique représente la meilleure preuve actuellement disponible permettant de guider les prises de décisions stratégiques. Derek L Chu, MD, et al, dans The Lancet, publication en ligne en avant-première, 1er juin 2020

Financement : World Health Organization (WHO) – Organisation Mondiale de la Santé (OMS)

Source : The Lancet Online / Traduction et adaptation : NZ

mardi 26 mai 2020

#thelancet #exclusif #vaccin COVID-19 #Ad5 #chine Innocuité, tolérance, et immunogénicité d’un vaccin vectorisé basé sur l’utilisation d’adénovirus recombinant de type 5 contre le COVID-19 : essai non-randomisé d’augmentation de la dose, pour la première fois chez l’humain

Graphique de la chronologie de l'épidémie de COVID-19 en Chine du 12 janvier 2020 jusqu'au 17 mai 2020
Source: https://commons.wikimedia.org/wiki/File:2020_coronavirus_patients_in_China.svg

Un vaccin permettant la protection contre le COVID-19 est d’une urgente nécessité. Notre but était d’évaluer l’innocuité, la tolérance, et l’immunogénicité d’un vaccin vectorisé basé sur l’utilisation d’adénovirus recombinant de type 5 (Ad5) contre le COVID-19 exprimant le pic de glycoprotéines propre à la souche du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2).

Nous avons réalisé une étude monocentrique d’augmentation de la dose de phase 1 ouverte, non-randomisée, d’un vaccin vectorisé basé sur l’utilisation d’un vaccin vectorisé Ad5 contre le COVID-19 à Wuhan, en Chine. Des adultes sains âgés de 18 ans à 60 ans ont été recrutés de manière séquentielle pour être intégrés à l’un des trois groupes de doses (5x1010, 1x1011, et 1,5x1011 particules virales) pour recevoir une injection intramusculaire de vaccin. Le critère principal d’évaluation était la survenue d’évènements indésirables dans les 7 jours suivant la vaccination. L’innocuité était évaluée sur les 28 jours suivant la vaccination. Les anticorps spécifiques étaient mesurés à l’aide d’un test ELISA, et la réponse immunitaire médiée par des anticorps neutralisants induite par la vaccination était détectée à l’aide de la neutralisation du virus SARS-CoV-2 et des tests de neutralisation provirale. Les réponses cellulaires T étaient mesurées à l’aide d’un test Immunospot (ELISA) ainsi qu’à l’aide d’une analyse par cytométrie de flux. (…).

Entre le 16 mars et le 27 mars 2020, nous avons examiné 195 sujets pour éligibilité. 108 d’entre eux (51% d’hommes et 49% de femmes ; d’âge moyen 36.3 mois) ont été recrutés et ont reçu le vaccin à faible dose (n=36), à dose moyenne (n=36), ou à dose élevée (n=36). Tous les participants recrutés étaient inclus dans l’analyse. Au moins un évènement indésirable a été rapporté au cours des premiers 7 jours après la vaccination chez 30 (83%) participants du groupe vaccin à faible dose, chez 30 (83%) participants du groupe vaccin à dose moyenne, et chez 27 (75%) participants du groupe vaccin à dose élevée. La réaction la plus commune, au niveau du site d’injection, était une douleur, qui était rapportée chez 58 (54%) des récipiendaires du vaccin ; et les événements indésirables systémiques les plus communément rapportés étaient fièvre (50 [46%]), fatigue (47 [44%]), céphalée (42 [39%]) et douleur musculaire (18 [17%]). La plupart des évènements indésirables relevés et qui étaient rapportés dans tous les groupes de dose, étaient d’intensité faible ou modérée. Aucun évènement indésirable grave n’a été relevé dans les 28 jours suivant la vaccination. Les anticoprs ELISA et les anticorps neutralisants étaient significativement augmentés au jour 14, atteignant un pic 28 jours après la vaccination. La réponse cellule T spécifique a présenté un pic d’occurrence 14 jours après la vaccination.

Le vaccin vectorisé Ad5 contre le COVID-19 est supportable et immunogène 28 jours après la vaccination. Les réponses humorales contre le SARS-CoV-2 ont présenté un pic au 28ème jour suivant la vaccination chez les adultes sains, et des réponses rapides cellules T spécifiques étaient notées 14 jours après la vaccination. Nos résultats obtenus sur le vaccin vectorisé Ad5 contre le COVID-19 justifient poursuite d’investigations nouvelles visant à son développement. Prof Wen-Juan Wang, MSc, et al, dans The Lancet, publication en ligne, 22 mai 2020

Financement : Programme National Clé de Recherche & Développement de Chine, Projet Majeur National de Science et de Technologie, et CanSino Biologics.

Source : The Lancet Online / Traduction et adaptation : NZ

lundi 30 mars 2020

#thelancetinfectiousdiseases #COVID-19 #exclusif #premierspatientsfrance Données cliniques et virologiques provenant des premiers cas de COVID-19 en Europe : série de cas

Le COVID-19 est une épidémie mondiale
Source iconographique https://pixabay.com/illustrations/covid-19-word-cloud-virus-epidemic-4979665/

Le 31 décembre 2019, la Chine a rendu compte d'un cluster de cas de pneumonie chez l’homme à Wuhan, Province de Hubei. Le pathogène responsable est un nouveau coronavirus, le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2). Nous rapportons des caractéristiques pertinentes des premiers cas d’infection confirmée décelés en Europe, nommée maladie du coronavirus 2019 (coronavirus disease 2019 (COVID-19), avec le premier patient diagnostiqué le 24 janvier 2020.

Dans cette série de cas, nous avons suivi cinq patients admis à l’Hôpital Bichat (Université Claude Bernard, Paris, France) et à l’hôpital Pellegrin (Université de Bordeaux, France) et diagnostiqués du COVID-19 à l’aide de la RT-PCR semi-quantitative réalisée sur des prélèvements nasopharyngés. Nous avons étudié les types cliniques et charges virales à partir de différents échantillons (nasopharyngés, sanguins, urinaires, et d’excréments), recueillis une fois par jour pendant trois jours à partir de l’admission à l’hôpital, puis tous les deux ou trois jours jusqu’à leur sortie de l’hôpital. Tous les échantillons ont été réfrigérés et acheminés vers les laboratoires du Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (Institut Pasteur, Paris ; et Hospices Civils de Lyon, Lyon, France), où l’extraction d’ARN, la réalisation de la RT-PCR en temps réel, l’isolation du virus et les procédures de titration ont eu lieu.

Le groupe de patients était constitué de trois hommes (âgés de 31 ans, 48 ans, et 80 ans) et de deux femmes (âgées de 30 ans et de 46 ans) ; tous les patients étaient d’origine chinoise ; ils avaient effectué un voyage de la Chine vers la France vers la mi-Janvier 2020. Trois évolutions cliniques différentes sont décrites : (1) deux femmes pauci-symptomatiques diagnostiquées dans la journée suivant la détection des symptômes, présentant des titres élevés de SARS-CoV-2 nasopharyngés dans les 24 heures suivant le début de la maladie (5.2 et 7.4 log10 copies pour 1000 cellules, respectivement) et une présence d’ARN viral dans les fèces ; (2) une progression de la maladie en deux étapes chez deux jeunes hommes, avec une aggravation secondaire environ dix jours après le début de la maladie malgré une baisse rapide de la charge virale dans les échantillons nasopharyngés; et (3) un homme de 80 ans présentant une évolution rapide vers des défaillances d’organes multiples et un niveau élevé de charge virale persistant dans le tractus respiratoire inférieur et supérieur avec une dissémination systémique du virus assortie d’une détection du virus dans le plasma. Le patient de 80 ans est décédé au jour 14 de la maladie (14 février 2020) ; tous les autres patients ont récupéré et sont sortis d’hôpital le 19 février 2020.

Nous avons illustré trois différentes types cliniques et biologiques d’évolution chez cinq patients infectés par le SARS-CoV-2 à l’aide d’une stratégie de prélèvements virologiques complète. Notre opinion est que ces résultats contribueront à une meilleure compréhension de l’histoire naturelle de la maladie et contribuera aux avancées dans l’implémentation de stratégies efficaces pour le contrôle de l’infection. Prof François-Xavier Lescure, MD, et al, dans The Lancet Infectious Diseases, publication en ligne en avant-première, 27 mars 2020

Financement : REACTing (Research & Action Emerging Infectious Diseases)

Source: The Lancet Online / Traduction et adaptation: NZ  

mercredi 25 mars 2020

#thelancetrespiratorymedicine #masquefacial #COVID-19 Utilisation rationnelle des masques faciaux et pandémie du COVID-19

Masque facial FFP2.
Source iconographique: https://pixabay.com/photos/respirator-ffp2-drape-corona-virus-4935049/

Depuis l'émergence de l’épidémie du syndrome respiratoire aigu sévère due au coronavirus 2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 [SARS-CoV-2] dans le texte), virus causant la maladie au coronavirus 2019 (COVID-19); l’utilisation des masques est devenue omniprésente en Chine et d’autres pays Asiatiques comme la Corée du Sud et la Japon. Quelques municipalités de Chine ont renforcé les politiques de port du masque dans les lieux publics ; cependant, les directives édictées par le gouvernement Chinois ont adopté une approche basée sur les risques, pour ce qui est des recommandations formulées pour l’utilisation des masques par les personnels des services de soins, et par la population générale. 
Nous avons comparé les recommandations en matière d’utilisation des masques selon les autorités de santé (…). Selon les recommandations clairement formulées, toutes les personnes présentant des symptômes, qu’il s’agisse de personnels de santé ou non, ONT L’OBLIGATION DE PORTER UN MASQUE. 
Quoi qu’il en soit, des disparités existent pour ce qui est du respect de ces recommandations, à la fois dans la population générale et de la part d’individus soumis à un cadre, dans un contexte communautaire notamment. Par exemple, la Direction Générale de la Santé des États-Unis d’Amérique a émis un avis contre la vente de masques pour usage par les personnes saines. L’une des raisons à cela est de freiner l’utilisation généralisée des masques faciaux, par souci d’en réserver les stocks disponibles à l’usage des professionnels opérant dans les hôpitaux et autres centres de soins. L’universalisation de l’utilisation des masques dans un contexte communautaire est également déconseillée, du fait que le masque facial ne fournit aucune protection efficace contre l’infection au coronavirus.    Shuo Feng, et al, dans The Lancet Respiratory Medicine, publication en ligne en avant-première, 20 mars 2020

Source : The Lancet Online / Traduction et adaptation : NZ

jeudi 19 mars 2020

#thelancet #COVID #épidémie Capacités de la sécurité sanitaire dans le contexte de l’épidémie de COVID-19 : analyse du rapport annuel du Règlement Sanitaire International rassemblant les données obtenues dans 182 pays

Symptômes de la maladie à Coronavirus 2019 (COVID-19), émergée à Wuhan en Chine avant de devenir pandémique, causée par le deuxième coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2). Les plus communément rencontrés sont fièvre et fatigue (symptômes systémiques); toux sèche et essoufflement (symptômes respiratoires).
Source iconographique et légendaire:  https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Symptoms_of_coronavirus_disease_2019_(cropped).png

Les mesures de santé publique visant à prévenir, détecter, et répondre aux événements sont essentiels au contrôle des risques de santé publique, épidémies infectieuses incluses, comme le soulignent les directives du Règlement Sanitaire International (RSI). À la lumière de l’épidémie du coronavirus 2019 (COVID-19), notre but était de passer en revue les capacités de sécurité sanitaire et de protection contre les risques de santé publique (…).

Nous avons utilisé 18 indicateurs du Rapport Annuel d’Etat Partie (RAEP) du RSI pour évaluer cinq indices : (1) prévention, (2) détection, (3) réponse, (4) orientation stratégique, et (5) préparation fonctionnelle. Nous avons utilisé les données RAEP 2018 pour tous les indicateurs et catégorisé les pays en cinq niveaux par rapport à ces indices ; à savoir le niveau 1 indiquait le niveau le plus bas de capacité nationale et le niveau 5 le plus élevé. Nous avons aussi analysé les données au niveau régional (au niveau des six régions géographiques de l’OMS).

Sur 182 pays, 52 (28%) présentaient des niveaux 1 et 2 de capacité, et 60 (33%) présentaient des niveaux 1 et 2 de capacité de réponse. 81 (45%) des pays possédaient des capacités à combattre et prévenir les épidémies et 78 (43%) possédaient des capacités de réponse de niveaux 4 et 5, indiquant leur aptitude sur le plan opérationnel. Pour 138 (76%) pays, ce sont les scores de détection qui se sont révélés les plus élevés, parmi les autres scores relevés. Ce rapport a également pointé que 44 (24%) pays ne sont pas en capacité de répondre aux risques de santé publique, notamment aux épidémies de maladies infectieuses (7 [4%] au niveau 1 et 37 [20%] au niveau 2). 102 (56%) pays étaient en capacité de niveau 4 ou de niveau 5 de répondre aux risques de santé publique. 32 (18%) pays présentaient un faible niveau de préparation (2 [1%] de niveau 1 et 30 [17%] de niveau 2), et 104 (57%) pays étaient immédiatement opérationnels pour prévenir, détecter, et contrôler une épidémie de maladie infectieuses nouvelle (66 [36%] de niveau 4 et 38 [21%] de niveau 5).

Il existe de grands écarts en termes de capacité de prévention, de détection, et de réponse aux épidémies selon les pays. La moitié de tous les pays analysés ont de fortes capacités opérationnelles en place, signifiant leur capacité immédiate à apporter une réponse efficace aux potentielles urgences sanitaires, y compris contre le COVID-19. Les résultats obtenus sur le plan local sont nécessaires pour la précise évaluation de niveau de préparation fonctionnelle, s’agissant de la réponse au COVID-19. La mise en place des capacités de réponse et de la collaboration entre les pays sont nécessaires pour renforcer la préparation au contrôle épidémiologique global. Nirmal Kandel, MPH, et al, dans The Lancet, publication en ligne en avant-première, 18 mars 2020

Financement : Aucun

Source : The Lancet Online / Traduction et adaptation : NZ