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lundi 19 décembre 2016

#thelancetoncology #radiothérapie #génomique Modèle d’ajustement des doses de radiothérapie basé sur la génomique (GARD): étude de cohorte rétrospective

Préparation d'un patient pour traitement par radiothérapie. 6 septembre 2014.
Source iconographique: https://www.flickr.com/photos/121483302@N02/14976581657
Malgré son utilisation pour le traitement des cancers, la radiothérapie n’est pas encore entrée dans l’ère de la médecine de précision; et il n’y a, à ce jour, aucune approche d’ajustement des doses basées sur les différences biologiques entre les tumeurs. Notre but était de d’évaluer si une signature moléculaire patient-spécifique de sensibilité aux radiations pouvait être utilisée pour l’identification de la dose optimale de radiothérapie à appliquer.

Nous avons utilisé l’index de sensibilité aux radiations basé sur l’expression génique et le modèle quadratique linéaire pour la dérivation de la dose de radiation ajustée en fonction des données de génomique (GARD). Une valeur élevée de GARD est prédictive d’un effet thérapeutique élevé pour la radiothérapie ; ce qui nous amène à émettre l’hypothèse d’un lien avec les résultats cliniques obtenus. 
A l’aide des données de prospective, le protocole d’étude observationnelle Total Cancer Care (TCC), nous avons calculé le GARD pour les tumeurs primaires situées au niveau 20 sites corporels différents, traitées avec des doses standard de radiothérapie adaptées pour chaque type de pathologie. Nous avons aussi utilisé le modèle de régression de Cox pour évaluer si GARD était associé de manière indépendante avec le résultat clinique obtenu dans cinq cohortes d’essai clinique : la cohorte pour le Cancer du Sein Erasmus (n=263) ; la cohorte pour le Cancer du Sein Karolinska (n=77) ; la cohorte cancer du poumon Moffitt (n=60), la cohorte cancer du pancréas Moffitt (n=40) ; et la cohorte de patients atteints de Gioblastome de l’Atlas des Mutations Génomiques impliquées dans les Cancers (n=98).

Nous avons calculé le GARD sur 8 271 échantillons de tissus provenant de la cohorte TCC. L’on a observé un large éventail de valeurs de GARD (de 1.66 à 172.4) au sein de la cohorte TCC, malgré l’affectation de doses uniformes de radiothérapie pour chaque type de pathologie pris individuellement. Les valeurs médianes de GARD les plus basses étaient observées pour les gliomes et les sarcomes et les plus élevées pour les cancers du col de l’utérus et les cancers de l’oropharynx et du cou. On a relevé un large éventail de valeurs de GARD au sein des groupes de tumeurs. Les valeurs de GARD étaient indépendamment prédictives du résultat clinique dans le cancer du sein, le cancer du poumon, le glioblastome, et le cancer du pancréas. Dans la cohorte cancer du sein Erasmus, la survie (…) sans développement de métastases à distance était plus longue chez les patients présentant des valeurs de GARD plus élevées que chez ceux présentant des valeurs de GARD plus basses. (hazard ratio 2.11, Intervalle de Confiance [IC] 95% 1.13-3.94, p=0.018).

Un modèle clinique basé sur les valeurs de GARD pourrait permettre une individualisation des doses de radiothérapie à appliquer selon la radiosensibilité des tumeurs et pourrait fournir un cadre permettant la conception par guidage génomique d’essais cliniques en radio-oncologie. Jacob G Scott, MD, et al, dans The Lancet Oncology, publication en ligne en avant-première, 16 décembre 2016

Financement : aucun

Source : The Lancet Online / Traduction et adaptation : NZ 

jeudi 21 mai 2015

#thelancetrespiratorymedicine #pneumonie #pneumonieinterstitielle #diagnostic #signaturegénomique #ARN #RNAseq Classification de la pneumonie interstitielle commune chez des patients atteints de maladie pulmonaire interstitielle : étude d’une approche d’apprentissage-machine utilisant des données transcriptionnelles à nombre de dimensions élevé

Coupe histologique de poumons fibrotiques.
Source iconographique et légendaire: http://www2.cnrs.fr/presse/communique/1221.htm
La fibrose pulmonaire idiopathique est une maladie pulmonaire fibrogène déformant l’architecture pulmonaire, menant à l’hypoxie, l’insuffisance respiratoire, et la mort. Le diagnostic en est difficile du fait que d’autres maladies pulmonaires interstitielles présentent les mêmes caractéristiques radiologiques et histopathologiques. Un tableau de pneumonie interstitielle patente est une caractéristique de fibrose pulmonaire idiopathique et est essentielle à son diagnostic. Notre but était de développer un test moléculaire permettant de distinguer la pneumonie interstitielle habituelle d’autres maladies pulmonaires interstitielles dans les échantillons de biopsies pulmonaires. Le but final étant de cette recherche étant de développer une méthode de diagnostic de la fibrose idiopathique pulmonaire sans nécessité d’intervention chirurgicale.

Nous avons recueilli des échantillons de biopsies pulmonaires chez des patients atteints de diverses maladies pulmonaires interstitielles dans 11 hôpitaux en Amérique du Nord. Les diagnostics des diverses pathologies rencontrées ont été confirmés par un groupe de spécialistes. Nous avons mesuré les niveaux d’expression d’ARN pour 33 297 transcrits par micro-essai sur tous les échantillons. Un algorithme de classification a été testé sur un groupe d’échantillons et testé sur un autre groupe. Nous avons testé un sous-groupe d’échantillons à un séquençage ARN de nouvelle génération (RNAseq) mesurant également les niveaux d’expression sur 55 097 transcrits, étudié et analysé les données par validation croisée des classifications de séquençages de micro-échantillons.

Nous avons prélevé 125 biopsies pulmonaires chez 86 patients. 58 échantillons ont été identifiés par le groupe de spécialistes comme pneumonie interstitielle commune, 23 comme pneumonie interstitielle non-spécifique, 16 comme pneumonie d’hypersensibilité, quatre comme sarcoïdose, quatre comme bronchiolite respiratoire, et deux comme pneumonie en voie d’organisation, et 18 comme sous-types autres que pneumonie interstitielle commune.  La classification des séquençages de micro-échantillons a été testée et éprouvée sur 77 échantillons ; appliquée par la suite sur un groupe de 48 échantillons, sur lesquels ont été notées une spécificité de 92% (Intervalle de Confiance [IC] 95% 81-100) et une sensibilité de 82% (64-95). Sur la base d’un sous-groupe de 36 échantillons, la classification par RNAseq a présenté une spécificité de 95% (84-100) et une sensibilité de 59% (35-82).

Nos résultats montrent que le développement d’une signature génomique prédisant une pneumonie interstitielle commune est envisageable. Ces résultats représentent une première étape vers le développement d’un test moléculaire pouvant être appliqué à tous les échantillons prélevés par bronchoscopie, permettant ainsi d’éviter la chirurgie pour le diagnostic de la fibrose pulmonaire idiopathique. Su Yeon Kim, PhD et al, dans The Lancet Respiratory Medicine, publication en ligne en avant-première, 20 mai 2015

Financement : Veracyte

Source : The Lancet Online / Traduction et adaptation : NZ