#trendsincancer #cancer #épigénomique L’extraordinaire épigénomique du cancer : penser autrement que codage classique et « promoteur box »

Source: http://www.hinnovic.org/epigenome-le-chef-dorchestre-de-notre-sante/

L’arrivée de la génomique fonctionnelle, stimulée par le séquençage à haut débit, a généré une appréciation nouvelle des séquences génomiques ne concernant pas les séquences codant pour le promoteur (« boîte ») canonique.

Ces régions présentent des éléments de régulation éloignés les uns des autres, des séquences régulatrices, des séquences super-régulatrices (enhancer, super-enhancer dans le texte), séquences isolatrices, des promoteurs alternatifs, et des séquences soumises à transcription comme ARN non codants (ARNnc) comme les ARNmi et les ARNnc longs. Ces études génomiques fonctionnelles ont aussi permis une compréhension meilleure du rôle des structures en 3D du génome dans la régulation épigénétique. Ici, nous passons en revue l’impact de ces changements épigénétiques - et plus spécialement la méthylation de l’ADN - sur ces extraordinaires séquences, forces motrices de la progression du cancer. Matthew Murtha and Manel Esteller, dans Trends in Cancer, publication en ligne en avant – première, 13 septembre 2016

Source : Science Direct / Traduction et adaptation : NZ

À la recherche des déterminants de la spécificité de l’interaction promoteur-enhancer

Shéma d'un transgène, comprenant notamment deux éléments isolateurs (insulator), un enhancer distal, un enhancer proximal et un promoteur. L'expression des gènes est contrôlée par des séquences situées essentiellement en amont des gènes. Le promoteur participe directement à la formation du complexe de transcription. Les amplificateurs (enhancer) augmentent la fréquence de fonctionnement du promoteur. Les régions éloignées MAR, ouvreur de chromatine et isolateur, maintiennent la chromatine ouverte et empêchent l'extinction des gènes par la chromatine environnante. Les régions UTR (untranslated regions) se retrouvent dans l'ARNm mais ne sont pas traduites.
Source iconographique et légendaire:   http://acces.ens-lyon.fr/biotic/procreat/clonage/html/TechniquesTransgenese.htm

Bien qu’il soit généralement admis que les enhancers* activent uniquement le promoteur* le plus proche, de récentes analyses globales rendues réalisables par l’utilisation d’une technologie de transmission à haut débit, suggèrent que le réseau formé par l’ensemble des interactions enhancer-promoteur est en réalité beaucoup plus complexe. Les mécanismes qui déterminent la spécificité des interactions enhancer-promoteur restent encore mal connus, même si l’on admet qu’ils comprennent notamment une compatibilité biochimique, les contraintes imposées par l’architecture tridimensionnelle des chromosomes, des éléments isolateurs*, et probablement des effets spécifiques à la nature de la chromatine prise au niveau local dans la cellule. Dans cette revue de littérature, nous étudions les avancées actuelles réalisées dans la connaissance de ces déterminants, et soulignons les approches génomiques fonctionnelles qui mèneront à une compréhension meilleure de ces mécanismes.  Joris van Arensbergen et al, dans Trends in Cell Biology – 1072, publication en ligne en avant – première, 24 août 2014

*Pour un exemple précis du rapport d’interaction enhancer – promoteur – élément isolateur président à la régulation génique, voir médecine/sciences 2001 ; 17 : 448-57 (note du traducteur)

Source : Science Direct / Traduction et adaptation : NZ