#Cell #transcriptomiquespatiale #Seq-Scope #Illumina Examen microscopique de la transcriptomique spatiale à l'aide de Seq-Scope

Subcellular Transcriptome = Transcriptome Subcellulaire
Single Cell Transcriptome (Liver) = Transcriptome de Cellule Unique (Foie)
Illumina Flow Cell = Flux Cellulaire IlluminaFrozen Tissue Section = Section de Tissu Congelé
Histological Transcriptome (Colon) = Transcriptome Histologique (Colon)

Les technologies de codes-barres spatiaux ont le potentiel de révéler les détails histologiques des profils transcriptomiques ; cependant, ils sont actuellement limités par leur faible résolution. Nous décrivons ici la méthode Seq-Scope, une technique d’attribution de code-barres de macromolécules biologiques sur le plan spatial avec une résolution comparable à un microscope optique. Seq-Scope est basé sur une amplification en phase solide d'oligonucléotides monomoléculaires codés au hasard à l'aide d'une plate-forme de séquençage Illumina. Les grappes résultantes annotées avec des coordonnées spatiales sont traitées pour exposer la fraction de capture d'ARN. Ces clusters à code-barres de capture d'ARN définissent les pixels de Seq-Scope qui sont distants de ∼0,5 à 0,8 μm les uns des autres. À partir de coupes de tissus, Seq-Scope visualise l'hétérogénéité spatiale du transcriptome à plusieurs échelles histologiques, y compris la zonation des tissus selon les axes centre organe-veine porte (foie), crypte-base (côlon) et inflammation-fibrose (foie lésé), les composants cellulaires, y compris les types cellulaires uniques et leurs sous-types, ainsi que les architectures subcellulaires du noyau et du cytoplasme. La technique Seq-Scope est rapide, simple, précis et facile à mettre en œuvre et rend l'analyse spatiale unicellulaire accessible à un large groupe de chercheurs biomédicaux. Edward M. Courchaine, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 10 juin 2021

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Préparation post : NZ

#Cell #mTORC1 #cytoplasme #particules #phases mTORC1 contrôle les séparations de phases et les propriétés biophysiques du cytoplasme par la modulation de l’encombrement

mTORC1 activity tunes ribosome concentration and crowding = L'activité de mTORC1 agit comme modulateur de la concentration en ribosome.
mTORC1 activity =  Activité de mTORC1
GEM mobility = Mobilité des GEMs (Nanoparticules Multimériques codées génétiquement)
Ribosome concentration = Concentration en ribosomes
Ribosomal crowding tunes phase separation = L'encombrement en ribosomes module la séparation des phases
Phase separation = Séparation des phases   

L’encombrement macromoléculaire a un profond impact sur les taux de réaction et les propriétés physiques intracellulaires, toutefois, les mécanismes de régulation de cet encombrement sont peu connus. Nous avons développé des multimères de nanoparticules codés génétiquement (GEMs), dans le but de décrypter ces mécanismes. Les GEMs sont des échafaudages homomultimères fusionnés à une protéine fluorescente qui s’autoassemblent sous la forme de particules claires, stables d’une forme et d’une dimension bien définies. En combinant le suivi des GEMs avec à la fois des techniques de génie génétique et de pharmacologie, nous mettons en évidence que la voie de signalisation mTORC1 peut agir en doublant le coefficient de diffusion efficace des particules ≥ 20 nm de diamètre par la modulation de la concentration en ribosomes, sans effet discernable sur le mouvement des molécules ≤5nm. Ce changement en concentration en ribosome agit sur la séparation des phases à la fois in vitro et in vivo. Pris dans leur globalité, ces résultats définissent les contours du rôle de mTORC1 dans le contrôle à moyenne échelle des propriétés biophysiques du cytoplasme et de condensation biomoléculaire. M. Delarue, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 21 juin 201

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Traduction et adaptation : NZ