#cell #protéinesendogènes #dégradation Une Méthode de Dégradation Rapide et Aigue des Protéines Endogènes

La méthode Trim-Away fonctionne sur le principe des réactions déclenchées par la liaison anticorps-antigène au niveau de la membrane cellulaire. 

Les méthodes pour une interruption ciblée de la fonction protéique ont révolutionné la science et accéléré la caractérisation systématique des gènes. Deux approches principales sont actuellement utilisées pour l’interruption de la fonction des protéines : l’invalidation génique de l’ADN (DNA knockout dans le texte) et l’interférence par ARN, agissant tous deux au niveau du génome et de l’ARN messager (ARNm) respectivement. Une méthode d’altération des protéines endogènes n’est actuellement pas disponible. Ici, nous présentons Trim-Away, une technique de dégradation aigue des protéines endogènes des cellules de mammifères SANS modification du génome ou de l’ARN au préalable. Trim-Away exploite la machinerie de dégradation de dégradation des protéines cellulaires avec pour but le retrait des protéines natives non modifiées, quelques minutes après son application. Cela minimise le risque de compensation phénotypique et d’accumulation de défauts non-spécifiques avec le temps. Du fait que la méthode Trim-Away utilise des anticorps, elle peut être appliquée à un large échantillon de protéines cibles (…). Trim-Away permet l’étude de la fonction protéique dans divers types cellulaires, incluant les cellules primaires ne se divisant pas, où les méthodes de ciblage du génome et de l’ARN sont limitées. Dean Clift, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 16 novembre 2017

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Traduction et adaptation : NZ  

#Cell #polypeptide #repliement Slp-Emp65 : Un Facteur de Protection du Repliement des Polypeptides contre une Dégradation Désordonnée

Un mécanisme cellulaire dédié protège les polypeptides en repliement de la dégradation.

Les protéines nouvellement synthétisées « engagent » des chaperons moléculaires d’aide au repliement. Leur progression est suivie par des systèmes de contrôle de qualité ciblant les erreurs de repliement conduisant à leur dégradation. Paradoxalement, les chaperons favorisant le repliement dirigent aussi les polypeptides non repliés vers leur dégradation. Ainsi, une hypothèse concernant un mécanisme de protection des protéines en repliement actif avait précédemment été émise. Dans cette étude, nous montrons qu’un complexe protéique membranaire de réticulum endoplasmique (RE), comprenant les protéines Slp1 et Emp65, effectue cette fonction dans le lumen du RE. Ce complexe lie entre elles les protéines non repliées et les protège de la dégradation au cours du repliement. En son absence, environ 20%-30% des protéines nouvellement synthétisées, qui pourraient se replier, sont de fait dégradées. Bien que les complexe Slp1-Emp65 abritent une large palette de "clients"*, ils sont spécifiques des protéines solubles. Prises dans leur ensemble, ces études démontrent la vulnérabilité des polypeptides nouvellement traduits, en repliement actif, et dévoilent la découverte de nouvelles catégories fonctionnelles d’homéostasie protéique que nous qualifierons de «gardiennes», protégeant lesdits polypeptides contre la dégradation. Shan Zhang, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 14 septembre 2017

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Traduction et adaptation : NZ

*traduction littérale: cela signifie que Slp1-Emp65 protège potentiellement bon nombre de types moléculaires (notre de l'éditeur du présent billet de blog)

#trendsincellbiology #protéines #dégradation Nouveaux éclairages sur le rôle physiologique du phénomène de dégradation associé au réticulum endoplasmique

Source: https://fr.wikipedia.org/wiki/Fichier:Endomembrane_system_diagram_fr.svg

Beaucoup de maladies humaines sont associées à des mutations causant un repliement erratique des protéines dans le réticulum endoplasmique (RE). La dégradation associée au RE (DARE) représente le mécanisme de contrôle de qualité principal responsable du ciblage des protéines repliées de manière erratique, en vue de leur dégradation au niveau du cytosol. Cependant, malgré des années d’effort, le rôle physiologique de la DARE in vivo reste largement inconnu. Quelques études récentes ont rendu compte de phénotypes de souris intéressants, à fonction DARE déficiente dans certains types cellulaires spécifiques. Ces études mettent en lumière le fait que la DARE est prévue pour assurer une large palette de fonctions physiologiques cellulaires spécifiques in vivo chez les mammifères, de manière substrat – dépendant. Ling Qi, Billy Tsai, Peter Arvan, dans Trends in Cell Biology, publication en ligne en avant-première, 26 janvier 2017   

Source : Science Direct / Traduction et adaptation : NZ

#cell #protéines #pulsechase #cinétique #dégradation #spectrométriedemasse #vieillissement L’analyse cinétique de la stabilité des protéines révèle une dégradation dépendant de l’âge

La capacité de pister la cinétique de dégradation des protéines à travers le protéome mammifère révèle qu’un échantillon de protéines est de moins en moins susceptible d’être dégradé au fur et à mesure que le temps passe. Les effets d’une variation en nombre de copies de protéines en fonction de la génétique peuvent être prédits par les propriétés de ces protéines.

Les protéines récemment synthétisées présentent-elles la même probabilité d’être dégradées que les protéines anciennement synthétisées ? Nous nous sommes posés cette question en utilisant un marquage pulse-chase et la spectrométrie de masse quantitative pour obtenir des profils de dégradation pour des milliers de protéines. Nous trouvons que plus de 10% des protéines subissent une dégradation non-exponentielle. Plus spécifiquement, les protéines sont moins stables au cours des premières heures de leur vie, et se stabilisent avec l’âge. Les profils de dégradation sont conservés, et similaires dans deux types de cellules. Beaucoup de protéines non-exponentiellement dégradées (NED) sont des sous-unités de complexes qui sont produits en quantités super – stoechiométriques par rapport à leurs homologues exponentiellement dégradées (ED). Au sein des complexes, les protéines NED présentent des interfaces d’interaction et s’assemblent de manière plus précoce que les sous-unités ED. L’amplification des gènes codant pour les protéines NED accentue leur dégradation initiale. Les profils de dégradation peuvent toujours prédire l’atténuation des niveaux de protéines dans les cellules aneuploïdes. Prises dans leur ensemble, nos données montrent que la dégradation non exponentielle est commune, conservée, et a des conséquences importantes sur la formation des complexes et la régulation de l’abondance en protéines. Erik McShane, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 6 octobre 2016

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle: Science Direct / Traduction et adaptation : NZ