#thelancetrespiratorymedicine #COVID-19 #testdedépistage Impact clinique et diagnostic au chevet des patients suspectés de COVID-19 à l’hôpital (COV-19POC) : étude prospective, interventionnelle, non-randomisée, contrôlée

Kit de dépistage de la COVID-19 par RT-PCR du CDC des Etats-Unis
Source iconographique:https://commons.wikimedia.org/wiki/File:CDC_2019-nCoV_Laboratory_Test_Kit.jpg

La gestion de la pandémie de COVID-19 est freinée par de très importants retards dans les dépistages associés à la centralisation de l’appareillage servant aux tests PCR en laboratoire. Dans les hôpitaux, ces retards mènent à une baisse des flux de traitement des cas et à une augmentation des maladies nosocomiales. Des tests rapides et précis sont requis d’urgence, en préparation de la nouvelle vague de la pandémie.

Nous avons réalisé une étude « point of care » non-randomisée, contrôlée, prospective, de tests réalisés à l’aide de techniques de biologie moléculaire, chez des patients âgés de 18 ans ou plus suspectés atteints par la COVID-19, et admis aux urgences de l’Hôpital Général de Southampton pendant la première phase de la pandémie sévissant au Royaume-Uni. Des frottis de muqueuse des narines et de la gorge prélevés chez des patients admis dans le groupe de test de l’étude « point of care » ont été dépistés dans le cadre du Groupe QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2. Des échantillons prélevés extemporanément chez des patients définis comme contrôle ont été testés par PCR. Le critère principal était le laps de temps nécessaire pour obtenir les résultats aux tests sur la cohorte complète. (…).

Entre le 20 mars 2020 et le 29 avril 2020, 517 patients ont été évalués pour éligibilité ; 499 d’entre eux ont été recrutés dans le Groupe de Dépistage de l’étude « point of care » et dépistés dans le cadre du Groupe QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2. 555 patients identifiés extemporanément ont été inclus dans le groupe de contrôle et testés par PCR. Les deux groupes étaient similaires quant à la distribution des patients par sexe, âge, ethnicité. 197 (39%) patients dans le groupe de test « point of care » et 155 (28%) du groupe de contrôle ont été dépistés positifs pour le COVID-19 (différence 11.5% [Intervalle de Confiance -IC- 95% 5.8-17.2, p=0.0001). La période médiane de temps nécessaire à l’obtention des résultats était de 1.7h (Intervalle Interquartile [IQR] 1.6-1.9) dans le groupe de test « point of care » et de 21.3 h (16.0-27.9) dans le groupe contrôle (différence 19.6 h [19.0-20.3], p<0.0001). Une analyse par le modèle de régression de Cox d’évaluation selon l’âge, le sexe, la date d’auscultation, et la gravité de la maladie a également montré que le temps d’obtention des résultats était significativement plus court dans le groupe de test « point of care » par rapport au groupe de contrôle (hazard ratio 4023 [IC 95% 545 – 29 696], p<0.0001).

Le test « point of care » est associé à une très importante diminution de la période de temps entre prélèvement et résultat ; cela pourrait contribuer à l’amélioration du contrôle des infections et du flux de patients en comparaison du test PCR réalisé en laboratoire centralisé.

Financement : Hôpitaux Universitaires de Southampton de la Fondation Trust du NHS (National Health Services)

Source : The Lancet Online / Traduction et adaptation : NZ

#thelancetinfectiousdiseases #COVID-19 #exclusif #premierspatientsfrance Données cliniques et virologiques provenant des premiers cas de COVID-19 en Europe : série de cas

Le COVID-19 est une épidémie mondiale
Source iconographique https://pixabay.com/illustrations/covid-19-word-cloud-virus-epidemic-4979665/

Le 31 décembre 2019, la Chine a rendu compte d'un cluster de cas de pneumonie chez l’homme à Wuhan, Province de Hubei. Le pathogène responsable est un nouveau coronavirus, le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2). Nous rapportons des caractéristiques pertinentes des premiers cas d’infection confirmée décelés en Europe, nommée maladie du coronavirus 2019 (coronavirus disease 2019 (COVID-19), avec le premier patient diagnostiqué le 24 janvier 2020.

Dans cette série de cas, nous avons suivi cinq patients admis à l’Hôpital Bichat (Université Claude Bernard, Paris, France) et à l’hôpital Pellegrin (Université de Bordeaux, France) et diagnostiqués du COVID-19 à l’aide de la RT-PCR semi-quantitative réalisée sur des prélèvements nasopharyngés. Nous avons étudié les types cliniques et charges virales à partir de différents échantillons (nasopharyngés, sanguins, urinaires, et d’excréments), recueillis une fois par jour pendant trois jours à partir de l’admission à l’hôpital, puis tous les deux ou trois jours jusqu’à leur sortie de l’hôpital. Tous les échantillons ont été réfrigérés et acheminés vers les laboratoires du Centre National de Référence des Virus des Infections Respiratoires (Institut Pasteur, Paris ; et Hospices Civils de Lyon, Lyon, France), où l’extraction d’ARN, la réalisation de la RT-PCR en temps réel, l’isolation du virus et les procédures de titration ont eu lieu.

Le groupe de patients était constitué de trois hommes (âgés de 31 ans, 48 ans, et 80 ans) et de deux femmes (âgées de 30 ans et de 46 ans) ; tous les patients étaient d’origine chinoise ; ils avaient effectué un voyage de la Chine vers la France vers la mi-Janvier 2020. Trois évolutions cliniques différentes sont décrites : (1) deux femmes pauci-symptomatiques diagnostiquées dans la journée suivant la détection des symptômes, présentant des titres élevés de SARS-CoV-2 nasopharyngés dans les 24 heures suivant le début de la maladie (5.2 et 7.4 log₁₀ copies pour 1000 cellules, respectivement) et une présence d’ARN viral dans les fèces ; (2) une progression de la maladie en deux étapes chez deux jeunes hommes, avec une aggravation secondaire environ dix jours après le début de la maladie malgré une baisse rapide de la charge virale dans les échantillons nasopharyngés; et (3) un homme de 80 ans présentant une évolution rapide vers des défaillances d’organes multiples et un niveau élevé de charge virale persistant dans le tractus respiratoire inférieur et supérieur avec une dissémination systémique du virus assortie d’une détection du virus dans le plasma. Le patient de 80 ans est décédé au jour 14 de la maladie (14 février 2020) ; tous les autres patients ont récupéré et sont sortis d’hôpital le 19 février 2020.

Nous avons illustré trois différentes types cliniques et biologiques d’évolution chez cinq patients infectés par le SARS-CoV-2 à l’aide d’une stratégie de prélèvements virologiques complète. Notre opinion est que ces résultats contribueront à une meilleure compréhension de l’histoire naturelle de la maladie et contribuera aux avancées dans l’implémentation de stratégies efficaces pour le contrôle de l’infection. Prof François-Xavier Lescure, MD, et al, dans The Lancet Infectious Diseases, publication en ligne en avant-première, 27 mars 2020

Financement : REACTing (Research & Action Emerging Infectious Diseases)

Source: The Lancet Online / Traduction et adaptation: NZ  

#thelancet #tuberculose #Mycobacteriumtuberculosis #ARN Signature d’expression de l’ARN sanguin du risque de tuberculose

Colonies bactériennes de Mycobacterium tuberculosis (bacille de Koch).
Source: https://en.wikipedia.org/wiki/Mycobacterium_tuberculosis 

L’identification de biomarqueurs du sang qui peuvent prédire la progression d’une infection à Mycobacterium tuberculosis vers une maladie tuberculeuse pourrait mener à des interventions nouvelles dans la lutte contre l’épidémie de tuberculose. Notre but était d’évaluer si l’expression génique globale mesurée dans le sang total chez des personnes en bonne santé permettait l’identification de signatures prospectives du risque de maladie tuberculeuse active.

Dans cette étude prospective de cohorte, nous avons suivi des adolescents sud-africains en bonne santé âgés de 12 à 18 ans, issus de l’Etude de Cohorte d’Adolescents (adolescent cohort study -ACS- dans le texte) qui présentaient une infection à M.tuberculosis depuis 2 ans. Nous avons recueilli des échantillons de sang chez les participants à l’étude tous les six mois et suivi ces adolescents pour ce qui est de leur progression vers une maladie tuberculeuse active. Une signature prospective de risque était fournie par des données de séquençage d’ARN comparant les participants qui développaient une tuberculose active (sujets progresseurs) avec ceux qui restaient en bonne santé (contrôles appariés). Après adaptation du test quantitatif basé sur la PCR (qRT-PCR), la signature était utilisée pour la prédiction de la maladie tuberculeuse patente sur des échantillons prélevés chez des adolescents non touchés par la maladie et des échantillons prélevés chez des adultes (sujets progresseurs et sujets de contrôle) provenant de cohortes indépendantes d’Afrique du Sud et de Gambie. Les participants provenant de cohortes indépendantes étaient des contacts domestiques de tuberculeux atteints de la maladie active.

Entre le 6 juillet 2005 et le 23 avril 2007, nous avons recruté 6 363 participants à l’étude ACS et 4 466 participants provenant de cohortes indépendantes d’Afrique du Sud et de Gambie. 46 sujets progresseurs et 107 sujets de contrôle appariés ont été identifiés dans la cohorte ACS. 16 signatures géniques de risque ont été identifiées. La signature prédisait une progression de la tuberculose avec une sensibilité de 66.1% (Intervalle de Confiance [IC] 95% 63.2-68.9) et une spécificité de 80.6% (79.2-82.0) dans les 12 mois précédant le diagnostic de tuberculose. La signature du risque était validée dans un groupe d’adolescents non touchés par la maladie  (p=0.018 pour le séquençage ARN et p=0.0095 pour la qRT-PCR) et dans les cohortes indépendantes d’Afrique du Sud et de Gambie (valeurs de p<0.0001 par qRT-PCR) avec une sensiblité de 53.7% (42.6-64.3) et une spécificité de 82.8% (76.7-86) dans les 12 mois précédant la tuberculose.

La signature du risque de tuberculose fournie par le sang total a identifié les personnes à risque de tuberculose active de manière prospective, ouvrant ce faisant la possibilité d’interventions ciblées dans un but de prévention de la maladie. Daniel E Zak, PhD, et al, dans The Lancet, publication en ligne en avant-première, 23 mars 2016

Financement : Fondation Bill & Melinda Gates, Institut National de la Santé (US NIH), Aeras, Union Européenne, et Conseil de Recherche Médicale d’Afrique du Sud.

Source: The Lancet Online / Traduction et adaptation: NZ

#thelancetoncology #carcinomerénal #gènes #RT-PCR Analyse de 16 gènes pour la prédiction de récidive après chirurgie d’un carcinome localisé des cellules rénales : études d’élaboration et de validation

les souris "nude" comme modèle d'étude pour l'analyse des effets secondaires consécutifs aux traitements anti tumoraux utilisés dans le cancer du rein. (...). Le cancer du rein est le 10ème cancer le plus fréquent chez l'homme avec, en 2011, environ 11000 nouveaux cas en France et près de 4000 décès. Le type histologique le plus courant (75% des cas) est le carcinome rénal à cellules claires (ccRCC). Ce ccRCC est une tumeur très vascularisée et dans un quart des cas métastatique au moment du diagnostic.
Source iconographique et légendaire: http://www.igdr.univ-rennes1.fr/equipes/recherche_equipe.php?domaine=&equipe=48&resp_equipe=

La probabilité de récidive tumorale après néphrectomie dans des cas de carcinome rénal à cellules claires est bien caractérisée par des paramètres cliniques et pathologiques. Cependant, ces évaluations peuvent encore être améliorées et personnalisées  en y ajoutant les caractéristiques moléculaires des tumeurs chez chacun des patients. Notre but était de développer une signature multigénique  pronostique pour améliorer la prévision du risque de récidive dans les cas de carcinome des cellules rénales à cellules claires.

Au stade de d’élaboration, Nous avons poursuivi des investigations relatives à l’association entre l’expression de 732 gènes par la technique d’amplification en chaîne par la polymérase après transcription inverse (RT-PCR), ainsi que l’issue clinique chez 942 patients atteints de carcinome rénal à cellules claires de stade I-III, qui avaient subi une néphrectomie à la Cleveland Clinic (OH, USA). 516 gènes ont été associés avec un intervalle de temps sans récidive. 11 de ces gènes ont été sélectionnés à l’aide d’analyses statistiques poussées et ont été combinés avec cinq gènes de référence (c’est-à-dire 16 gènes au total), à partir desquels un algorithme d’échelle de mesure du taux de récidive a été développé. Cette échelle de mesure du taux de récidive (score de récidive) a été ensuite validée dans une cohorte de 626 patients atteints de carcinome rénal à cellules claires de stade I-III basés en France, qui avaient également subi une néphrectomie. L’association entre taux de récidive, risque de récidive et survie en fonction du type de cancer dans les cinq premières années suivant la chirurgie a été évaluée à l’aide du modèle de régression aléatoire de Cox, et stratifiée par stade de développement tumoral (stade I versus stade II versus stade III).

Dans notre première analyse univariée, le score continu de récidive (valeur médiane 37, Intervalle Interquartile [IQR] 31-45) était associé de manière significative avec  l’intervalle de temps sans récidive (hazard ratio 3.91 [Intervalle de Confiance -IC- 95% 2.63-5.79] pour une augmentation de 25 unités du score, p<0.0001). 

Dans l’analyse multivariée, le score de récidive était significativement associé au risque de récidive tumorale (hazard ratio par tranche d’augmentation de 25 unités du score : 3.37 [IC 95% 2.23-5.08], p<0.0001) après stratification par stade et ajustement par rapport à la taille des tumeurs, leur grade, ou le score de Leibovich. Le score de récidive a permis d’identifier un nombre de patients de stade I à risque élevé et de patients de stade II-III à risque faible, significatif sur le plan clinique. Une étude d’hétérogénéité sur échantillons distincts a montré une variabilité intratumorale faible ou nulle parmi les 16 gènes.

Nos résultats valident le score de récidive comme prédictif de l’issue clinique chez les patients atteints de carcinome rénal à cellules claires, fournissant ce faisant une évaluation du risque plus précise et plus individualisée au-delà des paramètres cliniques et pathologiques existants. Prof Brian Rini MD et al, dans The Lancet Oncology, publication en ligne en avant-première, 12 Mai 2015

Financement :  Genomic Health Inc et Pfizer Inc.  

Source: The Lancet Online / Traduction et adaptation: NZ  

Comparaison du fardeau pesant sur la communauté et de la gravité de la grippe saisonnière et pandémique : résultats de l’étude de cohorte « surveillance de l’influenza »

Grippe en France. Etat des lieux début février 2014. Globalement, la grippe saisonnière touche chaque année en France entre 2 et 15% de la population. (...)
Source iconographique et légendaire: http://www.lepoint.fr/editos-du-point/anne-jeanblanc/grippe-une-cuvee-2014-particulierement-severe-06-02-2014-1788824_57.php

L’étude de l’effet de la grippe sur les populations, incluant le risque d’infection – et de maladie si infection il y ainsi que le nombre de consultations médicales qui en résulte, est essentielle à l’information sur les contrôles futurs à opérer et sur la prévention. Notre but était de comparer la charge pesant sur la communauté et la gravité de la grippe saisonnière et pandémique selon l’âge et les années concernées, afin d’acquérir une connaissance meilleure de ce fardeau bien souvent sous-estimé.

À l’aide d’une sérologie pré-saisonnière et post-saisonnière, de comptes rendus hebdomadaires, et d’identification de la grippe par analyse RT-PCR effectuée sur prélèvement nasal, nous avons  suivi l’évolution saisonnière et de grippe pandémique sur cinq cohortes successives (Royaume – Uni 2006-11 ; suivi de 5448 sujets […]). Nous avons comparé le fardeau et la gravité des souches pandémiques. Nous avons pondéré les analyses en fonction de l’âge, et de la structure administrative de l’Angleterre en régions pour produire cinq estimations représentatives sur le plan national. Nous avons comparé les profils de symptômes sur la première semaine de maladie en rapport à différentes souches de grippe confirmées par PCR, et de virus non-grippaux à l’aide d’une régression logistique ordinale avec usage de la mesure de la gravité du symptôme comme variable d’évaluation.

Sur la base de l’observation d’une augmentation de 4 fois du titre sérologique spécifique à la souche, l’épidémie touche en moyenne 18% (Intervalle de Confiance [IC] 95% 16-22) des personnes non vaccinées chaque année. Parmi les personnes infectées, nous avons observé 69 maladies respiratoires pour 100 personnes années atteintes de grippe en comparaison des 44 pour 100 non atteintes par la grippe. Le taux de déclaration de la maladie – si infection – était de 23 maladies déclarées pour 100 personnes par saison (13-34), suggérant que la plupart des personnes infectées par la grippe sont asymptomatiques. 25% (18-35) de toutes les personnes porteuses d’infection sérologiquement confirmée étaient atteintes de la maladie selon les mesures par PCR. Ces chiffres n’étaient pas significativement différents lorsque comparés à ceux relatifs à la grippe pandémique saisonnière. Des cas confirmés par PCR, les personnes infectées par la souche pandémique de 2009 ont montré des symptômes beaucoup moins graves que les personnes infectées avec le H3N2.

La grippe saisonnière ainsi que la souche pandémique de 2009 se sont caractérisées par des taux similaires d’infections avec, dans la plupart des cas, autosurveillance sans consultation médicale. Au sein de la communauté, la souche pandémique de 2009 a causé des symptômes plus légers que le H3N2 saisonnier. Dr Andrew C Hayward MD, The Lancet Respiratory Medicine, publication en ligne en avant – première, 17 mars 2014

Financement : Medical Research Council and the Wellcome Trust

Source: The Lancet Online / Traduction et adaptation: NZ