#Cell #cancer #cartographie Cartographier le long chemin vers le cancer

Évolution clonale reconstruite. Visualisation de l'évolution clonale chez un hypothétique patient MPN* basée sur les résultats de Williams et al. Des cellules sanguines individuelles sont prélevées après le diagnostic et développées in vitro, et leurs génomes sont séquencés. Les mutations permettent une reconstruction partielle de l'évolution hématopoïétique. Les zones blanches représentent les cellules de type sauvage sans mutations conductrices qui constituent initialement l'intégralité de la population. Les cellules qui ont acquis un conducteur (par exemple, une mutation JAK2 à 9 ans) sont affichées dans différentes couleurs, et leur proportion dans la population est visualisée au fil du temps. Ici, une population de mutants JAK2 se développe et acquiert des altérations supplémentaires du conducteur telles qu'une mutation DNMT3A et une disomie uniparentale du chromosome 9p (9pUPD) au fil du temps. Des pilotes supplémentaires (par exemple, la mutation TET2 [violet]) peuvent également être acquis dans la population cellulaire normale restante. Le taux de mutation presque constant permet de traduire le temps mutationnel (axe des x, en haut) en temps chronologique (axe des x, en bas). Certaines sous-populations mutantes sont trop petites pour être échantillonnées, ou elles meurent avant l'échantillonnage (marquées par « conducteur éteint »). Des sous-populations mutantes suffisamment grandes sont échantillonnées ; leurs heures d'arrivée et leurs taux de croissance peuvent être estimés. Les mutations qui représentent la ligne de démarcation entre l'évolution normale des tissus et le cancer peuvent ne pas être claires. *MPN=Néoplasme Myélodysplasique 

 

Chaque cellule de notre corps accumule des mutations tout au long de la vie, et parfois une combinaison malheureuse de mutations conduit à l'initiation d’un cancer. Une nouvelle étude déduit des chronologies extraordinairement détaillées de l'évolution précancéreuse en séquençant des génomes unicellulaires chez des patients atteints de tumeurs malignes du sang, et a découvert que des mutations clés peuvent survenir des décennies avant le diagnostic. David M Cheek, Kamila Naxerova, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 8 mars 2022

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Préparation post : NZ

#Cell #ARN #noyau #organisationspatiale L'ARN favorise la formation de compartiments spatiaux dans le noyau

L'ARN délimite des territoires spatiaux dans tout le noyau. 
L'ARN requière l'organisation de compartiments nucléaires
Le mécanisme d'assemblage compartimental est un mécanisme médié par l'ARN 

 

Les molécules d'ARN, d'ADN et de protéines sont hautement organisées au sein de structures tridimensionnelles (3D) dans le noyau. Bien qu'il ait été proposé que l'ARN joue un rôle dans l'organisation nucléaire, l'explorer a été difficile car les méthodes existantes ne peuvent pas mesurer les contacts d'ARN et d'ADN d'ordre supérieur au sein de structures 3D. Pour résoudre ce problème, nous avons développé RNA & DNA SPRITE (RD-SPRITE) pour cartographier de manière exhaustive l'organisation spatiale de l'ARN et de l'ADN. Ces cartes révèlent des structures ARN-chromatine d'ordre supérieur associées à trois grandes classes de fonction nucléaire : le traitement de l'ARN, l'assemblage de l'hétérochromatine et la régulation des gènes. Ces données démontrent que des centaines d'ARNnc* forment des territoires à forte concentration dans tout le noyau, que des ARN spécifiques sont nécessaires pour recruter divers régulateurs dans ces territoires et que ces ARN peuvent façonner des contacts d'ADN à longue distance, l'assemblage d'hétérochromatine et l'expression génique. Ces résultats démontrent un mécanisme par lequel les ARN forment des territoires à haute concentration, se lient à des régulateurs diffusibles et les guident dans des compartiments pour réguler les fonctions nucléaires essentielles. Sofia A. Quinodoz, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 4 novembre 2021 

*ARNnc = ARN non codant

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Préparation post : NZ

#Cell #astrocytes #neurones Revisiter la conversion des astrocytes en neurones avec le traçage de la lignée in vivo

PTBP1=Protéine de Liaison au Tractus Polypyrimidique 1
NEUROD1=Facteur de Transcription de Différentiation Neurogénique 1
AAV=Virus Adéno-Associé

Les conversions de destin cellulaire in vivo sont devenues des thérapies potentielles basées sur la régénération pour les blessures et les maladies. Des études récentes ont rapporté que l'expression ectopique ou la suppression de certains facteurs peuvent convertir les astrocytes résidents en neurones fonctionnels avec une efficacité élevée, une spécificité régionale et une connectivité précise. Cependant, en utilisant un traçage rigoureux de la lignée dans le cerveau de souris, nous montrons que les neurones présumés convertis en astrocytes sont en réalité des neurones endogènes. La co-expression médiée par AAV de NEUROD1 et d'un rapporteur induit spécifiquement et efficacement les neurones marqués par un rapporteur. Cependant, ces neurones ne peuvent pas être retracés rétrospectivement jusqu'aux astrocytes quiescents ou réactifs en utilisant des stratégies de cartographie de la lignée. Au lieu de cela, grâce à une approche de marquage rétrograde, nos résultats révèlent que les neurones endogènes sont la source de ces neurones marqués par un reporter viral. De même, malgré une perte de fonction (kockdown dans le texte) efficace de PTBP1 in vivo, les astrocytes résidents génétiquement tracés n'ont pas été convertis en neurones. Ensemble, nos résultats mettent en évidence l'exigence de stratégies de traçage de lignées, qui devraient être largement appliquées aux études de conversions de destin cellulaire in vivo. Lei-Lei Wang, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 27 septembre 2021

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Préparation post : NZ

#Cell #cartographie #réseauvasculairecérébral Cartographie de l’Organisation Fine et de la Plasticité du Système Vasculaire Cérébral

                          1. Immunomarquage iDISCO+ en 3D et microscopie

2. Cartographie du réseau vasculaire

                        3. Analyse quantitative à l'échelle du cerveau entier

                                 - de l'organisation du réseau vasculaire

                                 - des modèles d'AVC ischémique et de pathologies

                                 - de la plasticité vasculaire

Le réseau vasculaire cérébral est un réseau dense d’artères, de capillaires et de veines. L’organisation vasculaire varie selon les individus, les régions du cerveau, ou les modèles de pathologies; sa quantification reste donc un défi à relever. Nous avons utilisé des techniques d’immunomarquage de tissu pour identifier le réseau vasculaire de souris adultes et développé une technique de canalisation d’images pour segmenter les images multicanales obtenues par microscopie à nappe de lumière, permettant ce faisant la construction, l’analyse et la visualisation de la cartographie vasculaire composée de plus de 100 millions de segments de vaisseaux. Nous avons ainsi caractérisé l’organisation du réseau vasculaire de toutes les régions du cerveau, soulignant les adaptations locales et les corrélations fonctionnelles. Nous proposons la classification des régions corticales sur la base de la topologie vasculaire. Finalement, nous avons analysé les réarrangements vasculaires chez des modèles animaux de surdité congénitale et d’AVC ischémique au niveau du cerveau entier, révélant que la plasticité vasculaire et le remodelage se font selon des règles différentes selon les modèles étudiés. Joanna Kalucka, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 13 février 2020

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Traduction et adaptation : NZ