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| regression = régression ODE model = modèle ODE (Equation Différentielle Ordinaire) |
Les activités métaboliques des communautés microbiennes jouent un rôle déterminant dans l'évolution et la persistance de la vie sur Terre, entraînant des réactions redox qui donnent lieu à des cycles biogéochimiques mondiaux. Le métabolisme communautaire émerge d'une hiérarchie de processus, y compris l'expression des gènes, les interactions écologiques et les facteurs environnementaux. Dans les communautés sauvages, le contenu génétique est corrélé au contexte environnemental, mais la prédiction de la dynamique des métabolites à partir des génomes reste insaisissable. Ici, nous montrons, pour le processus de dénitrification, que la dynamique des métabolites d'une communauté est prévisible à partir des gènes que possède chaque membre de la communauté. Une régression linéaire simple révèle une cartographie clairsemée et généralisable du contenu des gènes à la dynamique des métabolites pour les bactéries génomiquement diverses. Un modèle consommateur-ressource prédit correctement la dynamique des métabolites communautaires à partir de phénotypes à souche unique. Nos résultats démontrent que les impacts conservés des gènes métaboliques peuvent prédire la dynamique des métabolites communautaires, permettant la prédiction de la dynamique des métabolites à partir des métagénomes, la conception de communautés dénitrifiantes et la découverte de l'impact de l'évolution du génome sur le métabolisme. Kama Gowda, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 31 janvier 2022
Source iconographique,
légendaire et rédactionnelle : Science
Direct / Préparation post : NZ
