#EClinicalMedicine #COVID-19 #spectrométriedemobilitéioniqueenphasegazeuse Diagnostic de la COVID-19 par analyse de l’air expiré à l’aide de la spectrométrie de mobilité ionique en phase gazeuse – étude de faisabilité

Appareillage de la spectrométrie de mobilité ionique
Source: https://fr.wikipedia.org/wiki/Spectrom%C3%A9trie_de_mobilit%C3%A9_ionique

Il existe un urgent besoin de distinguer le COVID-19 des autres pathologies respiratoires, grippe y compris, à la première présentation du patient. Les tests utilisables sur le point d’intervention pour les soins primaires ne requérant pas d’équipement de laboratoire permettront d’accélérer les diagnostics tout en protégeant le personnel de santé. Nous avons étudié la faisabilité de l’utilisation d’une analyse de l’air expiré pour distinguer ces pathologies à l’aide de la spectrométrie de mobilité ionique en phase gazeuse (GC-IMS).

Pour la réalisation d’études observationnelles de prévalence réalisées à Edinburgh, Royaume – Uni, et à Dortmund, Allemagne, des patients adultes ont été recrutés, avec suspicion d’atteinte par le COVID-19 à leur admission à l’hôpital. Un échantillon unique d’air expiré était recueilli auprès des participants pour analyse des Composés Organiques Volatils (COV)  par GC-IMS. L’infection au COVID-19 était identifiée par amplification en chaîne par polymérase (ACP, PCR dans le texte) (RT-qPCR) sur échantillons buccaux/nasaux prélevés lors de l’examen clinique. Puis, après correction des contaminants environnementaux, les potentiels biomarqueurs du COVID-19 étaient identifiés par analyse multivariée et comparaison avec les données des bases GC-IMS. Un score COVID-19 dans l’air expiré basé sur l’abondance relative des composés organiques volatils était exposé et testé contre les données de cohorte.

98 patients ont été recrutés, dont 21/33 (63.6%) et 10/65 (15.4%) étaient atteints par la COVID-19 à Edinburgh et à Dortmund, respectivement. Les diagnostics d’autres pathologies comprenaient des diagnostics d’asthme, de BPCO, de pneumonie bactérienne, et de maladies cardiaques. L’analyse multivariée a identifié des aldéhydes (éthanal, octanal), des cétones (acétone, butanone) et le méthanol qui permettaient de distinguer la COVID-19 d’autres pathologies. Une caractéristique non identifiée dotée d’un pouvoir prédictif significatif quant au rapport gravité/mortalité a été isolé à Edinburgh, alors que l’heptanal était identifié à Dortmund. La différenciation des patients quant à un diagnostic bien défini (25 et 65) de la COVID-19 d’une pathologie non COVID-19 n’était possible avec un niveau de précision de 80% et 81.5% à Edinburgh et à Dortmund (sensibilité/spécificité 82.4%/75% ; aire sous la courbe ROC 0.87 Intervalle de Confiance [IC] de 0.67 à 1). (…).

Ces deux études indiquent, indépendamment, que les patients atteints de la COVID-19 peuvent être rapidement distingués des patients atteints d’autres pathologies, dès la première consultation auprès de professionnels de santé. L’identité du marqueur est compatible avec les désordres observés quant aux mesures biochimiques de cétose, d’effets gastro-intestinaux, de processus inflammatoires, réalisées dans l’échantillon d’air expiré. Le développement et la validation de cette approche peut permettre un rapide diagnostic de la COVID-19 dans les saisons à venir de grippe saisonnière endémique. Dorota M Ruszkiewicz, et al, dans EClinicalMedicine - The Lancet, publication en ligne en avant-première, 24 octobre 2020

Financement : NHS Research Scotland, University of Edinburgh

Source: The Lancet Online / Traduction et adaptation : NZ

#thelancetrespiratorymedicine #COVID-19 #testdedépistage Impact clinique et diagnostic au chevet des patients suspectés de COVID-19 à l’hôpital (COV-19POC) : étude prospective, interventionnelle, non-randomisée, contrôlée

Kit de dépistage de la COVID-19 par RT-PCR du CDC des Etats-Unis
Source iconographique:https://commons.wikimedia.org/wiki/File:CDC_2019-nCoV_Laboratory_Test_Kit.jpg

La gestion de la pandémie de COVID-19 est freinée par de très importants retards dans les dépistages associés à la centralisation de l’appareillage servant aux tests PCR en laboratoire. Dans les hôpitaux, ces retards mènent à une baisse des flux de traitement des cas et à une augmentation des maladies nosocomiales. Des tests rapides et précis sont requis d’urgence, en préparation de la nouvelle vague de la pandémie.

Nous avons réalisé une étude « point of care » non-randomisée, contrôlée, prospective, de tests réalisés à l’aide de techniques de biologie moléculaire, chez des patients âgés de 18 ans ou plus suspectés atteints par la COVID-19, et admis aux urgences de l’Hôpital Général de Southampton pendant la première phase de la pandémie sévissant au Royaume-Uni. Des frottis de muqueuse des narines et de la gorge prélevés chez des patients admis dans le groupe de test de l’étude « point of care » ont été dépistés dans le cadre du Groupe QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2. Des échantillons prélevés extemporanément chez des patients définis comme contrôle ont été testés par PCR. Le critère principal était le laps de temps nécessaire pour obtenir les résultats aux tests sur la cohorte complète. (…).

Entre le 20 mars 2020 et le 29 avril 2020, 517 patients ont été évalués pour éligibilité ; 499 d’entre eux ont été recrutés dans le Groupe de Dépistage de l’étude « point of care » et dépistés dans le cadre du Groupe QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2. 555 patients identifiés extemporanément ont été inclus dans le groupe de contrôle et testés par PCR. Les deux groupes étaient similaires quant à la distribution des patients par sexe, âge, ethnicité. 197 (39%) patients dans le groupe de test « point of care » et 155 (28%) du groupe de contrôle ont été dépistés positifs pour le COVID-19 (différence 11.5% [Intervalle de Confiance -IC- 95% 5.8-17.2, p=0.0001). La période médiane de temps nécessaire à l’obtention des résultats était de 1.7h (Intervalle Interquartile [IQR] 1.6-1.9) dans le groupe de test « point of care » et de 21.3 h (16.0-27.9) dans le groupe contrôle (différence 19.6 h [19.0-20.3], p<0.0001). Une analyse par le modèle de régression de Cox d’évaluation selon l’âge, le sexe, la date d’auscultation, et la gravité de la maladie a également montré que le temps d’obtention des résultats était significativement plus court dans le groupe de test « point of care » par rapport au groupe de contrôle (hazard ratio 4023 [IC 95% 545 – 29 696], p<0.0001).

Le test « point of care » est associé à une très importante diminution de la période de temps entre prélèvement et résultat ; cela pourrait contribuer à l’amélioration du contrôle des infections et du flux de patients en comparaison du test PCR réalisé en laboratoire centralisé.

Financement : Hôpitaux Universitaires de Southampton de la Fondation Trust du NHS (National Health Services)

Source : The Lancet Online / Traduction et adaptation : NZ

#thelancetinfectiousdiseases #paludisme #PCR Utilisation de stratégies de correction par PCR dans les essais cliniques de médicaments contre le paludisme : mises à jour et clarifications

Plasmodium falciparum. Copyright: DENNIS KUNNEL MICROSCOPY / SCIENCE PHOTO LIBRARY

Les analyses d’essais cliniques concernant des médicaments contre le paludisme réalisés dans des zones endémiques font face à un défi majeur d’interprétation, du fait qu’il est difficile d’établir si la parasitémie mesurée dans des échantillons de sang après traitement indiquent un échec du médicament ou une infection nouvelle, survenue après le traitement. Il est donc vital de distinguer de manière fiable les échecs thérapeutiques des infections nouvelles, de manière à obtenir des estimations précises des taux estimés d’échecs thérapeutiques. Cette distinction peut être obtenue pour Plasmodium falciparum en comparant les génotypes des parasites obtenus au moment du traitement (ligne de base) et le jour même de survenue de la récidive de la parasitémie. De telles investigations requièrent l’utilisation de la correction de traitement ajustée par la PCR pour obtenir des taux d’échecs précis, même pour l’évaluation de nouveaux médicaments efficaces. Malgré l’utilisation de la correction par PCR en routine pour la surveillance de la résistance aux médicaments et dans les essais cliniques de médicaments, des limitations inhérentes au méthodes de génotypage moléculaire ont conduit certains chercheurs à questionner la validité des stratégies actuelles de correction par PCR. Ici, nous décrivons et discutons les récents développements de ces approches de génotypage, avec une attention particulière sur les méthodes de validation et sur les limitations des stratégies de génotypage. Notre but est de mettre à jour les connaissances des scientifiques des organes publics et privés qui travaillent au développement, au déploiement et à la surveillance des nouveaux médicaments contre le paludisme. Notre avons pour but de promouvoir le dialogue autour de ces questions et défendons l’adoption de méthodologies uniformisées améliorées de correction par PCR. Prof Ingrid Felger, PhD, et al, dans The Lancet Infectious Diseases, publication en ligne en avant-première, 17 Septembre 2019

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : The Lancet Online / Traduction et adaptation : NZ  

#thelancetinfectiousdiseases #entérovirus #PCR Évaluation du test PCR de mesure de l’entérovirus sanguin dans des population pédiatriques atteintes de fièvre d’origine inconnue, de maladie apparentée au sepsis, ou avec suspicion de méningite : étude de cohorte multicentrique observationnelle et prospective

Entérovirus 71
Source iconographique et légendaire: https://www.flickr.com/photos/ajc1/8405362662

Les entérovirus sont la cause la plus fréquente de méningite aigüe, on les rencontre avec une fréquence croissante dans les maladies apparentées au sepsis et dans les fièvres de source inconnue dans la population pédiatrique. La détection de l’entérovirus dans des échantillons de liquide céphalorachidien (CSF) par la technique PCR représente la référence absolue des tests de dépistage en termes de fiabilité. Notre but était d’évaluer la méthode de détection de l’entérovirus dans des échantillons sanguins par PCR.

Nous avons effectué cette étude multicentrique observationnelle et prospective dans 35 services de pédiatrie et d’urgence, dans 16 hôpitaux situés sur le territoire Français. Nous avons recruté des nouveaux-nés (âge ≤ 28 jours) et des nourrissons (d’âge > 28 jours à âge ≤ 2 ans) atteints de fièvre d’origine inconnue, de maladie apparentée au sepsis, ou avec suspicion de méningite, et des enfants (d’âge > 2 ans à âge ≤ 16 ans) avec suspicion de méningite, qui étaient définis comme admissibles dans les hôpitaux participant à l’étude. Nous avons utilisé un formulaire standard pour recueillir les données démographiques, cliniques, de laboratoire, sous forme anonymisée. Les tests PCR de détection de l’entérovirus étaient effectués dans des échantillons de sang et de liquide céphalorachidien.

Entre le 1^er juin 2015 et le 31 octobre 2015, et entre le 1^er juin 2016 et le 31 octobre 2016, nous avons recruté 822 patients, dont 672 ont subi des tests de détection de l’entérovirus dans des échantillons de sang et de liquide céphalorachidien. 

L’entérovirus était détecté chez 317 (47%) patients dans le sang ou le liquide céphalorachidien, ou les deux, (chez 71 nouveaux-nés, 83 nourrissons, et 163 enfants). 

La détection de l’entérovirus était plus fréquente dans les échantillons de sang que dans les échantillons de liquide céphalorachidien chez les nouveaux-nés (70 [99%] sur 71 versus 62 [87%] sur 71 ; p=0.011) et les nourrissons (76 [92%] sur 83 versus 62 [75%] sur 83 ; p=0.008) ; elle était moins fréquente dans les échantillons sanguins que dans les échantillons de liquide céphalorachidien chez les enfants (90 [55%] sur 163 versus 148 [91%] sur 163 ; p<0.0001). 

La détection de l’entérovirus était moins fréquente dans les échantillons de sang que dans les échantillons de liquide céphalorachidien chez les nourrissons âgés de deux ans ou moins atteints de fièvre d’origine inconnue (55 [100%] sur 55 versus 41 [75%] sur ; p=0.0002) ou atteints de maladie apparentée au sepsis (16 [100%] sur 16 versus neuf [56%] sur 16 ; p=0.008). 

La détection de l’entérovirus était moins fréquente dans le sang que dans le liquide céphalorachidien chez les patients avec suspicion de méningite (165 [67%] sur 246 versus 222 [90%] sur 246 ; p<0.0001).

Le test de détection de l’entérovirus par la technique PCR devrait faire partie intégrante des directives cliniques de pratique diagnostique chez les nourrissons âgés de deux ans ou moins. Ce test devrait permettre la diminution du temps de séjour à l’hôpital et pourrait réduire le temps d’exposition aux antibiotiques chez les patients à faible risque admis aux services des urgences pour maladie fébrile. Jérémy Lafolie, Pharm D, et al, dans The Lancet Infectious Diseases, publication en ligne en avant-première, 30 octobre 2018

Financement : CHU de Clermont – Ferrand, France

Source : The Lancet Online / Traduction et adaptation : NZ

#thelancetinfectiousdisease #paludisme #Plasmodiumfalciparum #Plasmodiumvivax Persistance et oscillations de Plasmodium falciparum et Plasmodium vivax sous-microscopique au fil du temps au Vietnam : étude ouverte de cohorte

En tant que protiste, Plamodium est un encaryote, du phylum Apiccomplexa. La structure cellulaire de cet organisme et celle d'un eucaroyte de manière générale diffèrent en ce que le Plamodium possède des rhoptries et des anneaux polaires près du pôle apical. Ces parasites provoquent la malaria - ou paludisme, maladie qui cause le plus de victimes dans le monde.
Source iconographique et légendaire: Wikipedia, www.universalis.fr   

Une proportion importante d’infections dues à différentes espèces de Plasmodium restent asymptomatiques, présentes en trop faible densité pour être détectables par des techniques standard de diagnostic. L’importance de telles infections asymptomatiques par le plasmodium dans la transmission du paludisme est probablement lié à la durée et à la densité d’exposition au plasmodium. Afin d’explorer la durée des infections asymptomatiques au plasmodium et des changements de densité en parasite au cours du temps, une cohorte de participants infectés aux parasites Plasmodium a été observée sur une période de suivi de 2 années.

Dans cette étude ouverte de cohorte, les habitants de quatre villages situés au Vietnam ont été invités à participer à des enquêtes de référence et des enquêtes sur 3 mois - sur une durée totale de 24 mois au maximum -, incluant la collecte d’échantillons de sang veineux. Les échantillons étaient examinés par lots à l’aide d’un séquençage (u) PCR ultra-sensible (limite inférieure de détection = 22 parasites par mL). Les participants définis comme infectés à l’aide de la technique (u) PCR au cours de ces enquêtes étaient invités à rejoindre une étude prospective de cohorte et à fournir des échantillons de sang tous les mois. Nous avons estimé la persistance des infections à Plasmodium falciparum et de Plasmodium vivax, ainsi que les changements de densité en parasites sur une période d’étude de 24 mois.

Entre le 1^er décembre 2013 et le 8 janvier 2016, 356 villageois ont participé aux enquêtes (participation minimale : une enquête ; participation maximale : 22 enquêtes). Les participants à l’étude ont été soumis à 4248 évaluations Upcr (11.9 tests par participant). 1874 (32%) tests sur les 4248 effectués ont révélé une infection au plasmodium ; 679 (36%) tests sur 1 874 ont révélé des monoinfections à P falciparum, 507 (27%) infections à P vivax, et 225 (12%) infections à des espèces indéterminées de Plamodium. La durée médiane d’une infection à P falciparum était de 2 mois (Intervalle Interquartile [IQR] 1-3) ; après prise en compte de la censuration, les participants avaient une probabilité de 20% de présenter une parasitémie sur une durée de 4 mois au plus. La durée médiane d’une infection à P vivax était de 6 mois (3-9), et les participants avaient une probabilité de 59% de présenter une parasitémie sur une durée de 4 mois ou plus. Les densités de parasites relatives aux infections persistantes étaient oscillantes ; aux infections à très basse densité succédaient des infections à haute densité.

Des infections persistantes et largement asymptomatiques à P vivax et P falciparum sont communes dans cette zone de faible transmission saisonnière du paludisme. Des infections à parasitémie de basse densité peuvent, plus tard, se développer en infections à plus haute densité, susceptibles de contribuer au maintien de l’endémicité du paludisme. Thuy-Nhien Nguyen, PhD, et al, dans The Lancet Infectious Diseases, publication en ligne en avant-première, 22 janvier 2018

Financement : The Wellcome Trust, Fondation Bill & Melinda Gates

Source: The Lancet Online / Traduction et adaptation: NZ