#Cell #génome #chromatine Lecture du génome chromatinisé

Architecture fondamentale de l'ADN eucaryote
(A) Organisation du nucléosome
(B) Modèle atomique de l'architecture canonique des particules du noyau du nucléosome (PDB: 3LZ0). Deux exemples de registres de l'ADN sont indiqués par des sphères. Le brin antérieur situé dans l'emplacement de la superhélice (SHL) +5 et SHL +6 est surligné en rouge
(C) Vue latérale de l'architecture du nucléosome, mettant en évidence les deux gyres d'ADN
(D) Lorsqu'un motif ou une lésion travers le registre d'ADN A (sphère jaune) à B (sphère bleue), il subit un mouvement de rotation/translation, indiqué par des flèches

Les protéines de liaison à l'ADN eucaryotes opèrent dans le contexte de la chromatine, où les nucléosomes sont les éléments constitutifs élémentaires. L'ADN nucléosomique est enroulé autour d'un noyau d'histone, rendant ainsi une grande partie de la surface de l'ADN inaccessible aux protéines de liaison à l'ADN. Néanmoins, les premiers intervenants dans la réparation de l'ADN et les facteurs de transcription spécifiques à la séquence se lient aux sites cibles de l'ADN obstrués par la chromatine. Alors que les premières études examinaient la liaison des protéines à l'ADN sans histone, on commence seulement maintenant à voir comment les séquences d'ADN sont interrogées sur les nucléosomes. Ces stratégies de lecture vont de la libération d'ADN nucléosomique à partir des histones, aux changements de registre de rotation/traduction du motif d'ADN et aux modes de liaison à l'ADN spécifiques aux nucléosomes qui diffèrent de ceux observés sur l'ADN nu. Puisque l'engagement des motifs d'ADN sur les nucléosomes dépend fortement de la position et de l'orientation, nous soutenons que l'emplacement des motifs et le positionnement des nucléosomes co-déterminent l'accès des protéines à l'ADN dans la transcription et la réparation de l'ADN. Alicia K. Michael, Nicolas H. Thomä, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 18 juin 2021

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Préparation post : NZ 

#Cell #cellulessouchesembryonnaires #polyméraseII #nucléosomes #pluripotence Connaissances nouvelles dans l’organisation des nucléosomes dans les cellules souches embryonnaires par cartographie chimique

Une approche chimique, permettant une cartographie précise des nucléosomes dans les cellules souches embryonnaires chez la souris, fournit des éclairages nouveaux dans l’organisation des nucléosomes, au niveau des sites d’initiation et de terminaison de la transcription de même que les régions de liaison à l’ADN pour CTCF et les facteurs de pluripotence. 

L’organisation du nucléosome influence l’activité génique par le contrôle de l’accessibilité de l’ADN à la machinerie de transcription. Ici, nous développons une approche de chimie biologique afin de déterminer les positions relatives des nucléosomes au niveau du génome entier. Nous découvrons des aspects inattendus de l’organisation des nucléosomes dans les cellules souches embryonnaires chez la souris. Au contraire du modèle qui prévaut habituellement, nous observons que pour presque tous les gènes chez la souris, une classe de nucléosomes fragiles occupe des régions précédemment désignées comme régions pauvres en nucléosomes, autour des régions d’initiation et de terminaison de la transcription. 

Nous montrons que les nucléosomes occupent des zones cibles pour un échantillon de protéines de liaison à l’ADN, incluant le facteur de liaison CCCTC (CTCF) et des facteurs de pluripotence. De plus, nous fournissons des évidences selon lesquelles les nucléosomes positionnés au niveau des promoteurs proximaux, notamment le nucléosome +1, contribuent aux phases de pause de la polymérase II. 

Finalement, nous trouvons une préférence caractéristique d’emplacement des nucléosomes au niveau des jonctions exon-intron. Prises dans leur ensemble, ces données nous permettent d’établir une méthode appropriée pour la définition du paysage nucléosomique et fournissent une ressource valable pour l’étude de la régulation génique médiée par les nucléosomes dans les cellules de mammifères. Lilien N. Voong, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 23 novembre 2016

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle: Science Direct / Traduction et adaptation : NZ