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jeudi 21 mai 2015

#thelancetrespiratorymedicine #pneumonie #pneumonieinterstitielle #diagnostic #signaturegénomique #ARN #RNAseq Classification de la pneumonie interstitielle commune chez des patients atteints de maladie pulmonaire interstitielle : étude d’une approche d’apprentissage-machine utilisant des données transcriptionnelles à nombre de dimensions élevé

Coupe histologique de poumons fibrotiques.
Source iconographique et légendaire: http://www2.cnrs.fr/presse/communique/1221.htm
La fibrose pulmonaire idiopathique est une maladie pulmonaire fibrogène déformant l’architecture pulmonaire, menant à l’hypoxie, l’insuffisance respiratoire, et la mort. Le diagnostic en est difficile du fait que d’autres maladies pulmonaires interstitielles présentent les mêmes caractéristiques radiologiques et histopathologiques. Un tableau de pneumonie interstitielle patente est une caractéristique de fibrose pulmonaire idiopathique et est essentielle à son diagnostic. Notre but était de développer un test moléculaire permettant de distinguer la pneumonie interstitielle habituelle d’autres maladies pulmonaires interstitielles dans les échantillons de biopsies pulmonaires. Le but final étant de cette recherche étant de développer une méthode de diagnostic de la fibrose idiopathique pulmonaire sans nécessité d’intervention chirurgicale.

Nous avons recueilli des échantillons de biopsies pulmonaires chez des patients atteints de diverses maladies pulmonaires interstitielles dans 11 hôpitaux en Amérique du Nord. Les diagnostics des diverses pathologies rencontrées ont été confirmés par un groupe de spécialistes. Nous avons mesuré les niveaux d’expression d’ARN pour 33 297 transcrits par micro-essai sur tous les échantillons. Un algorithme de classification a été testé sur un groupe d’échantillons et testé sur un autre groupe. Nous avons testé un sous-groupe d’échantillons à un séquençage ARN de nouvelle génération (RNAseq) mesurant également les niveaux d’expression sur 55 097 transcrits, étudié et analysé les données par validation croisée des classifications de séquençages de micro-échantillons.

Nous avons prélevé 125 biopsies pulmonaires chez 86 patients. 58 échantillons ont été identifiés par le groupe de spécialistes comme pneumonie interstitielle commune, 23 comme pneumonie interstitielle non-spécifique, 16 comme pneumonie d’hypersensibilité, quatre comme sarcoïdose, quatre comme bronchiolite respiratoire, et deux comme pneumonie en voie d’organisation, et 18 comme sous-types autres que pneumonie interstitielle commune.  La classification des séquençages de micro-échantillons a été testée et éprouvée sur 77 échantillons ; appliquée par la suite sur un groupe de 48 échantillons, sur lesquels ont été notées une spécificité de 92% (Intervalle de Confiance [IC] 95% 81-100) et une sensibilité de 82% (64-95). Sur la base d’un sous-groupe de 36 échantillons, la classification par RNAseq a présenté une spécificité de 95% (84-100) et une sensibilité de 59% (35-82).

Nos résultats montrent que le développement d’une signature génomique prédisant une pneumonie interstitielle commune est envisageable. Ces résultats représentent une première étape vers le développement d’un test moléculaire pouvant être appliqué à tous les échantillons prélevés par bronchoscopie, permettant ainsi d’éviter la chirurgie pour le diagnostic de la fibrose pulmonaire idiopathique. Su Yeon Kim, PhD et al, dans The Lancet Respiratory Medicine, publication en ligne en avant-première, 20 mai 2015

Financement : Veracyte

Source : The Lancet Online / Traduction et adaptation : NZ