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mardi 3 juillet 2018

#Cell #cartographiegénétique #tumeurmammaire Cartographie à l’échelle d’une cellule unique des divers phénotypes immuns dans le microenvironnement tumoral mammaire

1. Séquençage de l'ARN à l'échelle d'une cellule unique
2. Analyses computationnelles
3. Expansion phénotypique immune tumorale
(Voir le texte du post ci-après) 
La connaissance des phénotypes des cellules de l’immunité du microenvironnement tumoral est essentielle à la compréhension des mécanismes de la progression du cancer et de la réponse aux immunothérapies. Nous avons profilé 45 000 cellules de l’immunité provenant de huit carcinomes mammaires, de même que des échantillons normaux correspondants de tissu mammaire, de sang, et de ganglions lymphatiques, à l’aide d’une technique de séquençage de l’ARN au niveau d’une cellule unique. Nous avons développé un pipeline de prétraitement, SEQC, et une méthode bayésienne de regroupement et de normalisation, Biscuit, pour relever les défis computationnels propres aux données relevées sur cellule unique. Malgré une similarité significative entre cellules immunitaires provenant de tissu normal et cellules immunitaires provenant de tissu tumoral, nous avons observé des expansions phénotypiques continues spécifiques au microenvironnement tumoral. Des analyses de données appariées de séquençage d’ARN et de récepteur de cellule T à l’échelle d’une cellule unique (TCR) provenant de 27 000 cellules T supplémentaires, ont révélé l’impact combinatoire de l’utilisation de TCR sur la diversité phénotypique. 
Nos résultats soutiennent un modèle d’activation continue des cellules T ne correspondant pas au modèle de polarisation des macrophages dans le cancer. Nos résultats revêtent d’importantes implications pour la caractérisation des cellules immunitaires infiltrant les tumeurs. Elham Azizi, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 28 juin 2018

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Traduction et adaptation : NZ 
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