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lundi 4 avril 2016

#Cell #enzymed’éditiondel’arn #protéinedeliaisonàl’arn #TRIBE : Détournement d’un Enzyme d’édition de l’ARN pour l’identification de cibles cellulaires spécifiques des protéines de liaison à l’ARN

Une technique appelée TRIBE identifie les cibles cellulaires spécifiques des protéines de liaison à l’ARN, même sur une petite population de cellules, par la détection d’événements d’édition d’ARN conférés par la fusion enzymatique d’une protéine de liaison à l’ARN spécifique. 
Les transcrits ARN sont liés et soumis à régulation par des protéines de liaison à l’ARN [(-RBPs -), de RNA-binding proteins dans le texte]. Les méthodes d’identification actuelles de cibles in vivo d’une RBP sont imparfaites et non adaptables pour l’examen d’un petit nombre de cellules. Afin de répondre à ces questionnements, nous avons développé la méthode TRIBE (Cibles des protéines de liaison à l’ARN identifiées par édition [targets of RNA-binding proteins identified by editing dans le texte]), une technique qui couple une RBP au domaine catalytique de l’enzyme d’édition de l’ARN ADAR chez Drosophila et exprime la protéine de fusion in vivo. Les cibles de RBP sont matérialisées par de nouveaux évènements d’édition d’ARN et identifiées par séquençage ARN. Nous avons fait usage de TRIBE pour identifier les cibles de trois RBPs (Hrp48, DFMR1, et NonA). La méthode TRIBE peut être avantageusement comparée à d’autres méthodes (…), et nous avons pu identifier les cibles RBPs à partir d’une très faible quantité de matériel biologique, à savoir 150 neurones spécifiques de mouche. La méthode TRIBE peut être utilisée sans anticorps et sur de très petites quantités de cellules spécifiques. Aoife C. McMahon, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 31 mars 2016


Source : Science Direct  / Traduction et adaptation : NZ