#Cell #expressiongénique #améliorationdescultures #tomate Impacts Majeurs de la Variation Structurelle Généralisée sur l’Expression Génique et l’Amélioration de la Culture de la Tomate

Tomato PanSV-Genome = Pangénome des variants structurels chez la tomate
100 Diverse Varieties = 100 Variétés Diverses
Long-read Sequencing = Séquençage de Grande Profondeur
Gene Expression = Expression Génique
Trait Variation = Variation d'un Trait Phénotypique
Fruit Size = Taille du Fruit
Causality Shown by Genome Editing = Liens de Causalité Montrés par Edition Génomique
Productivity = Productivité

Les variants structurels (SVs) sont à la base de l’importante amélioration des cultures et des méthodes de domestication. Cependant, la résolution de la diversité et de l’impact quantitatif dans toute son étendue des SVs restent un défi à relever. Nous avons appliqué le séquençage à l’aide de nanopores pour l’extraction de 238 490 SVs dans 100 lignées de tomates différentes. Ce pangénome des variants structurels, de pair avec 14 nouvelles références d’assemblage, ont révélé un brassage à grande échelle de différents génotypes, de même que des milliers de gènes de SVs interconnectés et de régions régulatrices en cis. Des centaines de paires de gènes exhibent de subtiles et significatives variations de leur expression,  ce qui pourrait avoir une influence considérable sur la variation des caractères quantitatifs. En combinant la génétique quantitative avec l’édition génomique, nous montrons comment de multiples SVs modifient le parfum, la taille et la production d’un fruit, en modulant leurs niveaux respectifs d’expression génique. Dans un dernier exemple, une épistasie d’ordre supérieur parmi quatre SVs affectant trois facteurs de transcription associés ont permis l’introduction d’un trait distinctif influençant la récolte des tomates actuelles. Nos découvertes soulignent les rôles encore sous-explorés des SVs sur les relations génotype à phénotype et leur importance et leur utilité dans l’amélioration des cultures. Michael Alonge, et al, dans Cell, publication en ligne en avant-première, 17 juin 2020

Source iconographique, légendaire et rédactionnelle : Science Direct / Traduction et adaptation : NZ